мдя, тёма - великий лингвист. Как только маме за него не стыдно.)
А я щас лекцию прочитаю. Род несклоняемых существительных из иностранных языков определяется по родовому понятию (принцип языковой адаптации). Кофей или кофе - неважно, родовым понятием является слово "напиток" мужского рода. Однако, кофе - слово многозначное, обозначает и напиток (бытовое понятие), и дерево, растение (биологический термин). Поэтому, в научных работах, когда речь идет о растении, а не обработанном напитке, используется средний род.

Кстати, с метро была та же история - метрополитен и его сокращение были в первой половине прошлого века мужского рода. А потом была проведена реформа языка и метро стало среднего рода. Могу ошибаться, но причины для смены рода были весьма практичные - популяризация нового вида транспорта. Метро для русскоязычного населения звучит, как средний род (аналогично "наше поле, наше море) - вот род и сменили.