Прототип водки изготовил в XI веке персидский врач Ар-Рази, который первым выделил этанол путём перегонки. Жидкость использовалась исключительно в медицинских целях, так как Коран запрещает употребление алкоголя. В Европе первая перегонка спиртосодержащей жидкости была сделана итальянским монахом- алхимиком Валентиусом.


В России водка появилась в конце XIV века. В 1386 году Генуэзское посольство привезло в Москву первую водку («Aqua Vitae»- «живая вода») и представили её князю Дмитрию Донскому. Алхимики Прованса приспособили изобретённый арабами перегонный куб для превращения виноградного сусла в спирт. Коран запрещает мусульманам употребление любых спиртных напитков, поэтому арабы использовали спирт для приготовления духов. В Европе же от «аквавиты» родились все современные крепкие напитки: бренди, коньяк, виски, шнапс и русская водка. Получаемая в результате перегонки перебродившего сусла летучая жидкость воспринималась как концентрат, «дух» вина (по-латыни «Spiritus vini»), откуда и происходит современное название этой субстанции во многих языках, в том числе в русском- «спирт». Согласно преданию, около 1430 года монах Исидор из Чудова монастыря, находившегося на территории Московского Кремля, создал рецепт первой русской водки. Имея подходящее образование и обладая винокуренным оборудованием, он стал автором качественно нового алкогольного напитка. Международный арбитраж в 1982 году подтвердил данный факт, закрепив за Россией приоритет создания водки как русского оригинального алкогольного напитка. В 1533 году была введена государственная монополия на производство водки и продажу в «царёвых кабаках». На Руси алкогольные напитки, приготовляемые на основе зерновых (ржаных, пшеничных или ячменных) спиртов, долгое время именовались «хлебным вином» (в отличие от виноградных и плодовых вин). Официальный термин «водка», установленный в законодательном порядке, впервые появляется только в указе императрицы Елизаветы Петровны «Кому дозволено иметь кубы для движения водок», изданном 8 июня 1751 года. Затем этот термин появляется спустя почти 150 лет, на рубеже XIX и XX веков, в связи с введением государственной монополии на производство и торговлю водкой. В 1789 году петербургский химик Товий Ловиц предложил использовать древесный уголь для очистки водки от сивушных масел.