Сделал на своём компе вторую учётку обычного пользователя (без прав администратора), если ставить в соответствие определённому расширению свою программу
(Пуск -) Программы по умолчанию -) Сопоставление типов файлов или протоколов конкретным программам), там действительно почему-то нету в списке расширения .fb2.

Но с обычной учётки можно выбрать Cool Reader программой по умолчанию для книг формата .fb2 другим способом, который только что опробовал c неадминской учётки:

Двойной клик по файлу (книге) с расширением .fb2 -)
в открывшемся окне выбираете "Выбор программы из установленных программ" и нажимаете Ок -)
нажимаете кнопку "Обзор" (в открывшемся окне справа снизу) -)
находите в окне "Открыть с помощью" файл cr3.exe и выбираете его двойным кликом -)
после этого вы вернётесь к окну "Выбор программы" в списке должен появиться значок с названием cr3; убедитесь, что этот значок выбран, а также, что опция "Использовать выбранную программу для всех файлов такого типа" отмечена галочкой (эта опция в том же окне, слева от кнопки "Обзор") -)
нажмите кнопку "Ок".

У меня приложение в списке окна "Выбор программы" называлось просто cr3 (без exe) и было в нижнем списке "Другие программы", и ещё значок там был не как у приложения а как у неизвестного файла.

Сейчас мне нужно будет убегать, вечером соображу слайдшоу и короткий видеоролик того, как это сработало у меня.

Вот так выглядит выбор программы Cool Reader 3 программой по умолчанию с неадминской учётки в Windows 7:
https://dl.dropboxusercontent.com/s/6ly1dy1iwxosc5d/otvet1_Cool_Reader_for_fb2.webm

Этим компьютером пользуетесь только вы, или и другие люди тоже ?
Возможно есть смысл добавить вашей учётке права администратора, если с этим компьютером работаете только вы.

Странно что оно не находит, там ещё можно попробовать прокрутить список программ в том окне (вверх и вниз), возможно где-то прожка запряталась, но не уверен :) Ещё она может сидеть в списке "Рекомендуемые программы", в том же окне но выше списка "Другие программы", хотя не факт что она там есть.

Напишите ваш ли личный комп, если что попробуем сделать ту учётку что есть учёткой с правами администратора, а потом уже закрепить Cool Reader за книгами в .fb2.

Вот здесь парень вроде неплохо показал открытие админских прав в обычной учётке:
http://www.youtube.com/watch?v=aifC-Mg5-KI
Текстовая версия здесь:
http://chuzhoy007.ru/windows7

Этот способ, насколько я понял подходит даже для тех версий Win7, для которых по-другому получить админские права не получается.

Попробуйте ту методу, если не получится дайте знать.

На здоровье!
Рад если получилось хоть чем-то помочь.

Вас тоже с праздниками, желаю крепкого здоровья и всех благ!!!

Если я правильно понял, сейчас обе учётки, и та ваша, которая была, и учётка Администратор c админ правами.
Если будет актуально, попробуйте назначить программу Cool Reader программой по умолчанию для .fb2 по одной из моих инструкций прямо из вашей основной учётки, есть вероятность что в этот раз получится :) Если не выйдет, то книги и в самом деле можно запускать прямо из программы.

Если будут ещё какие-то вопросы, обращайтесь, постараюсь помочь чем смогу.

Я на данный момент без планшета и смартфона с Android. Так что здесь вам помочь не смогу. Попробуйте спросить на 4pda в соответствующей теме: Cool reader, Порт известной читалки на Андроид . В ней даже разработчик Cool Reader (Buggins) часто отвечает.

Доброй ночи! Сейчас пока без убунту, думаю смогу поставить где-то месяца через 4 второй системой (в ноуте надо разделы переразбивать, а это пока напряжно).

Если версия Cool Reader похожа на виндовую, то у меня сохраняет по нажатию кнопки "Ок" внизу в соответствующем окошке настроек (если просто закрывать окно настроек, поменяв шрифт и другие параметры - тогда не сохраняет, надо сначала нажать "ок").

В Android-версии, насколько я помню, подхватывает сразу (без "ок" и/или "сохранить"), но тут могу ошибаться.