Дисбактериоз вначале никак не проявлятся, или возможно проявление чередованием поноса и запора, на более поздней стадии появляются нарушение стула (учащенный разжиженный), аппетита, ухудшение самочувствия и нарушение поведения (возбудимость или вялость).
Лечение заключается в терапии причины, вызвавшей дисбактериоз, уничтожении болезнетворных микроорганизмов с помощью антибиотиков и бактериофагов и заселении кишечника недостающими полезными микроорганизмами.
Из медикаментозных препаратов для лечения дисбактериоза у грудничков и детей более старшего возраста  используют бифидумбактерин, бификолл, бифиллин, лактобактерин, линекс. Конкретный препарат назначает врач с учетом данных анализа кала.
При смешанном и искусственном вскармливании предпочтение следует отдавать кисломолочным и ацидофильным смесям.
В последние годы при лечении дисбактериоза получили широкое распространение препараты-пробиотики - живые микроорганизмы, которые благоприятно влияют на здоровье путем нормализации кишечной микрофлоры.
Пробиотики могут использоваться либо в виде чистых культур пробиотических микроорганизмов, либо в качестве компонентов продуктов питания. Поступление пробиотиков в организм малыша способствует нормализации состава кишечной микрофлоры, повышая уровень бифидо- и лактобактерий, дают профилактический лечебный эффект в отношении кишечных инфекций и пищевой аллергии.
Также широкое распространение получили пребиотики - неперевариваемые вещества, которые стимулируют рост или активность ограниченного числа микроорганизмов кишечника.
Смеси с про- и пребиотиками следует вводить в рацион малыша постепенно, начиная с 50 мл 1 раз в день, увеличивая объем смеси на 1-2 кормления ежедневно и доводя его до оптимального количества, которое составляет 600-800 мл. По достижении полного излечения в целях профилактики  запоров и поддержания состава кишечной микрофлоры, надо подобрать поддерживающую дозу, которая обычно составляет 2-3 кормления в день. Кормить малыша только смесями с про- и пребиотиками нецелесообразно.