Évolution : le centre pénitentiaire de Lille-Loos-Sequedin
Le 11 septembre 2007, la maison d'arrêt de Lille est regroupée administrativement avec le centre de détention de Loos, voisin de la maison d'arrêt du même nom pour constituer le centre pénitentiaire de Lille-Loos-Sequedin4.

L'établissement intègre alors le centre de détention de Loos, qui devient le « quartier centre de détention de Loos » de 369 places.

Cependant, le rapprochement effectif de ces trois structures n'est réalisé qu'en 2008. Il est alors composé du « quartier maison d’arrêt de Lille-Loos » (correspondant au site de la maison d'arrêt de Loos), du « quartier maison d’arrêt de Lille-Sequedin » (correspondant à la nouvelle maison d'arrêt de Sequedin) et du « quartier centre de détention de Loos » (correspondant au site du centre de détention de Loos).

D'autres structures sont également rattachées administrativement à l'établissement : l’UHSI du centre hospitalier régional de Lille (21 lits) et le centre de semi-liberté d’Haubourdin (60 places), ce dernier, précédemment autonome, devenant le quartier « centre de semi-liberté d’Haubourdin »5.

Fermeture des quartiers historiques de Loos
En 2011, le « quartier maison d’arrêt de Lille-Loos » et le « quartier centre de détention de Loos » ferment définitivement leurs portes pour vétusté (même si un rattachement administratif subsiste). Les deux quartiers sont détruits entre 2016 et 20176.

Seuls subsistent les rattachements administratifs de l’UHSI du centre hospitalier régional de Lille du quartier « centre de semi-liberté d’Haubourdin ».

Au sein de l'établissement le plus récent, qui devient le site principal du centre pénitentiaire à la suite de la fermeture des autres sites, le quartier "Maison centrale Hommes" disparait également et un quartier "CNE" est par la suite mis en place.