Здание, расположенное в с. Рогнедино, по ул. Ленина , занимаемое в настоящее время церковью свв. мчч. Флора и Лавра, было построено в комплексе с основным зданием кладбищенского однопрестольного храма свт. Алексия, митрополита Московского, и являлось служебным помещением церкви.
До половины 18 века Флоро - Лаврский храм находился на княжеской усадьбе между деревнями Гатьково и Пузынино, в версте с небольшим от торгового села Рогнедино (“посада”).
Нужно полагать, что храм существовал еще в 12 веке, при жизни княгини Рогнеды.

Долго ли существовал храм после смерти Рогнеды,- неизвестно; но с достоверностью можно сказать, что церковь в селе Рогнедино (между Гатьковым и Пузынином) возобновлена или вновь основана во второй половине 14 века, при митрополите Московском Алексии.
В последствии церковь была перенесена с княжеской усадьбы в торговое село Рогнедино. Известно, что в 1748 году церковь была уже в торговом селе Рогнедино (“посаде”) - двухэтажная, деревянная, и вероятно, двухпрестольная,- с главным престолом- во имя Свв. мчч. Флора и Лавра, и придельным - во имя святителя Алексия. При этом же храме существовало и обширное кладбище. Этот первый приходской храм в селе Рогнедине (“посаде”) просуществовал до конца 18 столетия.
С устройством в 1784 году “главного” каменного холодного Одигитриевского храма (который в период гонений в сер. 20 века был взорван) с приделом во имя свв. мчч. Флора и Лавра,- храм во имя свв. мчч. Флора и Лавра с приделом во имя святителя Алексия, за ветхостью был перестроен и стал уже называться “кладбищенским” храмом, однопрестольным во имя святителя Алексия, митрополита Московского. Этот, второй по счету на сем месте кладбищенский храм просуществовал до 1841 года и был разобран за ветхостью. И на основании храмозданной грамоты за номером 2735 данной 13 мая 1841 года епископом Смоленским и Дорогобужским Тимофеем, помещице села Рогнедино, дочери коллежского ассесора, девице Александре Николаевне Соковниной,- был основан 8 июля 1841 года на сем же месте третий по счету (с 1748г.) теплый каменный кладбищенский однопрестольный храм во имя святителя Алексия.

Этот храм был всецело устроен на средства храмоздательницы - помещицы А. Н. Соковниной; освящен же самолично преосвященным Тимофеем 6 сентября 1845 года. Иконы иконостаса были вновь написаны на средства Соковниной, за исключением древней храмовой иконы свт. Алексия, митрополита Московского, оставшейся от иконостаса, бывшего в том храме, что до 1748г. находился между Гатьковым и Пузынином. В начале 1900-х г.г. Алексиевский храм перестроен. Действовал до прихода гонений. В храмовом здании располагались государственные и муниципальные организации, учреждения культуры. После строительства нового «Дома культуры» здание Алексиевского храма было передано под складские помещения; в начале 1990-х г.г. в результате пожара большая часть храмового здания утрачена. От Алексиевского храма частично сохранились стены и фундамент, а также единственное уцелевшее служебное помещение. С 1991 года оба здания стали бесхозными, никем не использовались, и были отданы под вновь открывшуюся церковь святых мучеников Флора и Лавра.
В этом служебном помещении храма свт. Алексия богослужения совершаются и по настоящий день.

Церковь является памятником архитектуры.