..В 1792 году рядом с деревянной церковью была заложена каменная двухэтажная церковь во имя Богоявления Господня (в нижнем этаже) и во имя Покрова Божьей Матери (в верхнем этаже). Зачачьевский житель Заборский в своем дневнике утверждает, что каменная церковь в Емецке была заложена в 1789 году, строителем ее был богатый емчанин Василий Иванович Перевозников, и нижнюю церковь святили 15 августа 1803 года при большом стечении народа. Он указывает, что емчане пекли хлебы и рыбники, варили пиво и угощали народ в ограде церкви, много было всяких яств и всех угостили изрядно.
Ночью 1 октября 1808 года Емецк вновь горел. Сгорело все село, сгорела и деревянная церковь, расположенная южнее каменной на расстоянии не более 15 саженей (примерно 30 м) ближе к реке. Место, на котором стоит каменная церковь, и близ ее, особенно за южной стороной, было местом старинного приходского, а может быть, монастырского кладбища, так как от приходской деревянной Богоявленской церкви выше по Емце саженей на 50 (105 м) находился до 1613 года Ивановский женский монастырь.
Занимаемое каменной церковью место есть место деревянного острога, построенного в 1613 году. Покровский монастырь находился в полуверсте (560 м) от Ивановского монастыря. Церковь же Иоанна Предтечи была в ряду с Богоявленской в том же или около того места, где сейчас каменная. С 1760 года монастыри не отстроились и, надо полагать, крестьяне, приписанные к монастырю, вошли в состав Емецкого прихода с той разницей в наименовании, какая долгое время существовала между прихожанами; одна половина их именовалась богоявленскими, другая - покровскими.

Богоявленская церковь как церковь старая и имевшая перед другими то преимущество, что образовалась не из упраздненных монастырей, стала называться соборною. Это наименование дано было епархиальным начальством и сохранилось в некоторых документах, оставшихся целыми после пожаров. Духовной консисторией каменная церковь именовалась собором, а старшие лица - протоиереями собора.

После пожара 1808 года пострадала только что построенная каменная церковь (собор). Сгорели причтовые дома и лавки, дома крестьян, причем дома крестьян были большие, двухэтажные; много погорело мелкого скота. Из становой избы никаких документов спасти не смогли. Там были дела земельные и общинные. Жители переселились в ближайшие деревни. Кощеиха не пострадала, и многие временно стали жить в этой деревне. Крестьяне получили разрешение три года рубить лес беспошлинно. Обгоревшую каменную церковь одной из первых восстановили, начали строить дома на пепелище, исправили береговое деревянное укрепление. За несколько лет возникло новое село, набережная украсилась двумя рядами лавок, дома поставили с трех сторон квадратной площади.

В 1823 году на расстоянии 15 саженей (32 м) от церкви была построена трехъярусная колокольня по образцу колокольни Ярославского девичьего монастыря. Строительство колокольни вел В. И. Перевозников, а позднее он соединил церковь с колокольней, в основном на собственные деньги, использовались также церковные деньги и посильные пожертвования прихожан. Колокольня - довольно высокое и красивое сооружение в 28 саженей (59,7 м), одно из самых высоких в ту пору в Архангельской области. Даже было распространено среди жителей: «Посылаю поклон с емецкую колокольню». Это означало - большой поклон.

В 1825 году В. И. Перевозников отлил из одних медных пятаков колокол весом в 169 пудов (примерно 1,7 тонны), за что был судим гражданским начальством. Иван Брагин отлил на свои деньги колокол в 50 пудов (800 кг). Крестьянин Иван Михайлович Байкалов устроил в верхней церкви во имя Покрова Божьей Матери новый иконостас, стоивший по тогдашнему счету четыре тысячи рублей, и сверх того завел много разных святых икон. Крестьянин Федор Филимонович Такшеев пожертвовал на значительную сумму белого листового железа, которым были обиты пять глав на церкви с крестами и шатрами; у колокольни шпиль с крестом, главу, купол и все фронтоны обил черным железом и окрасил меденою. Кроме того, он пожертвовал в верхнюю холодную церковь большую в позолоченной раме икону Спасителя, сидящего на престоле, писанную на холсте, завел хорошие хоругви и другие вещи. За все пожертвования в пользу церкви Ф. Ф. Такшеев был награжден серебряной медалью для ношения в петлице. Некоторые из прихожан своими пожертвованиями, небольшими в частности, но значительными в совокупности, много содействовали заведению церковной утвари, ризницы, книг и других принадлежностей храма. В те времена считалось, что ничего замечательного в подношении для общего дела не было....

...Емецкому приходу, по сведениям 1872 года, было приписано 27 деревень, начиная от Сухарева до Брусачихи, в которых проживало 805 мужчин и 970 женщин. Сравнение по деревням: какие деревни ликвидировались, какие вновь появлялись, провести невозможно, пожары уничтожили все. Можно лишь сравнить с переписью 1853 года: в приходе было 793 мужчины, 960 женщин. По сведениям за 1899 год по Емецкому приходу, мужчин было 1213, женщин - 1045. Емецкие прихожане все крестьянского сословия, государственные и все православного исповедания. Общим у всех прихожан занятием было земледелие, около 1,5 десятины (1,6 га) на душу пахотной и сенокосной земли, но оно не обеспечивало их полностью, поэтому многие имели особые занятия и промыслы, из которых главный - отхожий промысел, преимущественно в Петербург. Другие занимались выделкой кирпича и глиняной посуды, деланием кадок, ушатов, лоханей, шаек, корзин, коробов; иные занимались рыболовством, птицеводством, карбасничеством, плотничеством, кузнечеством, выделкой кож и другими промыслами. Свои изделия вывозили на базар и ярмарки в Емецк в торговые дни. Общее состояние прихожан можно считать достаточным. Земля родит хорошо при хорошем уходе. Трудолюбивый хозяин здесь всегда небеден. ...

... События конца XVIII - начала XIX века для Емецкого прихода мало известны. Лишь о двух можно рассказать. 8 июля 1898 года была сильная гроза. Молния ударила в Емецкий собор, спалила в церкви колонну около иконы Рождества Христова и разбила кисть руки Казанской Божьей Матери, находящейся на жертвеннике. На колокольне разбила кирпичную колонку, разрушила под большим колоколом и расщепила доски просвета на восточной стороне колокольни.

С 1930 года Емецкий приход перестал существовать. С церкви сняли купола, с колокольни - колокола, разобрали примерно две трети колокольни. В помещениях церкви были склады, магазин, на втором этаже размещался кинотеатр «Ударник». Позднее здание собора приспособили под пищекомбинат.