В состав прихода входили все жители города Онеги, Андозерского селения (в 12 верстах от Онеги) и рабочие на лесопильных заводах под Онегой. В 1601 г. в приходе было две церкви: Успения Пресвятой Богородицы и Николая Чудотворца, построенный в 1597 г. В писцовых книгах 1621 и 1622 г.г. указывалось, что в Устьенской волости (названа по своему местонахождению в устье реки Онеги) было 22 крестьянских дома, 3 церковнослужительских, 6 келий, дом священника на погосте был сожжен и разорен литовцами. В 1657 г. волость, по грамоте царя Алексия Михайловича, была пожалована основанному в том же году патриархом Никоном на острове Кие Крестному монастырю. В 1683 г. был построен новый Никольский храм, в 1695 г. - соборный Успенский храм. Волость оставалась во владении монастыря до 1765 г., когда была причислена в состав Новгородской губернии, в 1776 г. переведена в состав Архангельской губернии, в 1780 г. Усть-Онежское селение переименовано в уездный город Онега. 19 июня 1827 г. оба храма сгорели от удара молнии. По сообщению онежского городничего и магистрата от 1725 г. сгоревший Успенский храм был холодным и имел два придела: Иоанно-Богословский и Ильинский. Храм был двенадцатиглавый и имел 30 углов. Никольский храм с трапезой и папертью был теплым, при нем был холодный Иоанно-Предтеченский придел.

Сгоревшие храмы были уже ветхими. Строительство каменного двухэтажного Свято-Троицкого храма и каменной колокольни началось на средства в размере 8000 руб. асс., пожалованные по указу Екатерины II от 1783 г., и на добровольные пожертвования. Строился храм очень долго. Сначала в июле 1800 г. архимандритом Крестного монастыря Никоном был освящен нижний теплый храм в честь Архангела Михаила, затем главный Свято-Троицкий храм - 17 мая 1814 г. архимандритом того же монастыря Кириллом. 2 июля 1837 г. был освящен придел в честь Николая Чудотворца в трапезной нижнего храма. Онежский собор, называвшийся до пожара Успенским, стал именоваться Свято-Троицким.

28 ноября 1848 г. во время совершения литургии в нижнем Михайло-Архангельском храме, по неизвестной причине, случился пожар в колокольне, вследствие чего все деревянное строение как в колокольне, так и в верхнем Троицком храме сгорело, купол колокольни обвалился, колокола упали. Иконостасы и все имущество нижнего храма были спасены, в верхнем же храме все сгорело. Восстановление верхнего храма шло очень медленно, так что он вторично был освящен в 1860 г.

На городском кладбище находился каменный храм во имя св. Лазаря. Ему предшествовал одноименный деревянный храм, построенный в 1788-1791 г.г., освященный в 1791 г. и сгоревший 24 мая 1884 г. На строительство каменного храма израсходовали 3000 руб. из церковной казны и 8000 руб. пожертвований. Несмотря на пожар 1886 года, когда многие лишились своих домов, горожане принимали деятельное участие в строительстве храма. Храм был освящен 10 декабря 1889 г. Часовни: одна на окраине города; другая - в д. Андозерской (в 12 верстах от собора) в честь Апостолов Петра и Павла, впоследствии была обращена в церковь.

Жертвователи: купец Павел А. Пурыгин в 1858 г. пожертвовал 1000 руб. на нужды храма, а также 750 руб. в пользу храма и 2000 руб. в пользу причта; купец Михаил А. Лыткин - по 1000 руб. в пользу храма и причта; купец Иван И. Платунов - на исправление иконостаса 800 руб. и в пользу причта 1400 руб.; Иван Л. Иванов, бывший церковным старостой, - 1000 руб. в пользу храма; купец Александр В. Корчажинский пожертвовал 1050 руб. на устройство Лазаревского храма и 750 руб. на его украшение, в 1894-1895 г.г. - 360 руб. на замену старых каменных столбов в соборной ограде на новые; Иван П. Воробьев - 1050 руб. на строительство Лазаревского храма; протоиерей Иоанн Ильич Сергиев (прав. Иоанн Кронштадтский) - 1200 руб. на ремонт собора.