Действующий Покровский собор указан на плане Барнаула 1877г. В архиве сохранились метрические книги этого храма, начиная с 1869г. Ныне существующее здание освящено в 1903г.

Церковь построена на частные пожертвования прихожан.

В 1933г. церковь закрыли, снесли колокольню и крест на куполе.

В 1942г. на основании указа Сталина И.В собор был открыт, а в 1990г. была вновь построена колокольня, освященная епископом Новосибирским и Барнаульским Тихоном.