При епископе Приамурском Владимире (Бережкове) в Благовещенске начала действовать первая женская монашеская обитель – в честь чудотворной Албазинской иконы Божией Матери.

Его первой игуменьей стала монахиня Палладия, бывшая начальница Крестовоздвиженской Полунинской общины Рязанской епархии. Все 30 сестер обители приехали из европейской части России.

Монастырь создавали в первую очередь как место, где девушек и женщин, которые хотели присоединиться к православию, обучали основам веры и благочестия, давали пропитание и возможность трудиться в соответствии с их силами и умениями. При этой общине также планировалось открыть приют для девочек-сирот.

В 1910 году было построено каменное здание монастыря по ул. Политехнической, 13 «в». К обители была причислена Свято-Троицкая церковь (Шадринский собор).

Первый женский монастырь Амурской области закрылся в 1920-х годах. Его здание передали горнопромышленному училищу, а затем – Благовещенскому политехническому колледжу.

В октябре 2001 года Богородично-Албазинскую обитель было решено возродить новом месте - в районе аэропорта г. Зея. Первыми ее насельницами были монахини Васса  (Денисова), Рахиль (Коломеец), Варвара (Белоусова) и Мелания (Высоцкая). В марте 2003 года монастырь переехал в бывшее подсобное хозяйство Зейской ГЭС и стал именоваться Богородично-Албазинским Свято-Никольским женским монастырем. Второе название он получил от часовни в честь святителя Николая Мирликийского, построенной на источнике Теплый Ключ по месту нахождения обители.

В 2011 году на территории монастыря освятили храм в честь Албазинской иконы Божией Матери, началось строительство сестрического корпуса.