Монастырь учрежден решением Священного Синода Русской Православной Церкви от 7 мая 2003 года, по прошению Высокопреосвященного Архиепископа Благовещенского и Тындинского Гавриила.

 В 1946 году в Благо­вещенске открыли православный приход Благовещения Божией Матери, которому передали здание бывшего костела (построен в 1903), поскольку ни одного православного храма в городе не сохранилось.

Гавриило-Архангелский монастырь преобразован из прихода «Благовещения Божией Матери» (бывший кафедральный сбор), храм которого (бывший костёл) стал монастырским. Монахами монастыря являются монашествующие священники епархии, служащие на разных приходах.