Перынский Рождества Богородицы скит расположен при истоке реки Волхов из озера Ильмень в очень живописном месте. Здесь в дохристианское время находилось капище бога Перуна – первоначально западно-славянского бога грома и молнии Перкунаса, упоминаемого с VI века (в русских летописях - с 907 года). Тот же святой равноапостольный князь Владимир, который крестил Русь в 988 году в Киеве, за 8 лет до этого (когда сам еще был язычником) провел реформу иерархии русских языческих богов, сделал Перуна главным богом и повелел построить капище около озера Ильмень.

В 989 году Великий Новгород был крещен святым епископом Иоакимом Корсунянином, капище разрушено, а деревянная статуя Перуна сброшена в Волхов. Им же была построена деревянная церковь Рождества Богородицы (по преданию в 995 году), которая простояла около двухсот лет; о ней практически ничего не известно. Тогда же, вероятно, был основан монастырь, хотя впервые в летописи он упомянут в 1386 году в списке монастырей, сожженных самими новгородцами при приближении войска московского князя Дмитрия Донского.

Постройка каменной церкви Рождества Богородицы датируется 30-ми годами XIII века. Основу дошедшего до нас здания составляет кладка домонгольского времени – сочетание известняка и тонкого кирпича – плинфы, положенных на известковом растворе,  с примесью кирпичной крошки (цемянки).

Крест, венчающий церковь, - так называемый «крест накупольный с полумесяцем», типичной для домонгольского периода формы, которая происходит от «креста расцветшего», или «креста виноградной лозы» («Я есть истинная виноградная Лоза, а Отец Мой – Виноградарь» Евангелие от Иоанна,15,1). Таким образом, полумесяц под крестом по происхождению является стилизованной виноградной лозой, не имеет никакого отношения к  символике мусульманства, но имеет множество христианских толкований.

В 1528 году в Перынском монастыре сооружена деревянная трапезная с церковью Троицы (второй церковью на острове). В период шведской оккупации (1611-1617 гг.) монастырь был сожжен и разграблен. В описи 1615 года церковь Троицы есть, а в 1617 году она уже не упоминается: «Храм в монастыре Рождества Богородицы разорен. Келий и ограды нет. В монастыре старец один Максим. Церковного имущества у него крест благословящий и пять книг…». Чтобы поддержать запустевшую обитель, она в 1634 году по царской грамоте приписана к Свято-Юрьеву монастырю.

В 1764 году правительством Екатерины II была проведена церковно-земельная реформа. Церковные земли были переданы государству, более половины монастырей закрыто. Из 953 великорусских монастырей оставлено 224 в штате (которые были разделены на 3 класса и стали получать от казны содержание) и 161 за штатом (на собственном содержании). Число монахов сокращено с 12444 до 5105. Доходы церкви единовременно упали более чем в 3 раза. Перынский монастырь был упразднен, его церковь обращена в приходскую, все постройки кроме церкви разобраны и перевезены в Свято-Юрьев монастырь.

Возрождение Перынского и расцвет Свято-Юрьева монастырей связаны с именем знаменитого архимандрита Фотия (Спасского)(1792-1838). Еще будучи иеромонахом в Петербурге, Фотий выступал против распространившегося в образованных слоях русского общества мистицизма, учения, проповедовавшего непосредственное общение человека с Богом, без Церкви и ее таинств и обрядов, без различия вероисповеданий. За такие выступления в 1821 году Фотия перевели в Новгород. В 1822 году он был назначен архимандритом Свято-Юрьева монастыря, каковым и оставался до кончины. С помощью огромных средств своей духовной дочери графини Анны Алексеевны Орловой-Чесменской архимандриту Фотию удалось привести обитель в цветущее состояние. (Влияние мистиков было ослаблено устранением их покровителя министра духовных дел князя Голицина и надолго прекратилось в 1825 году со вступлением на престол императора Николая I, глубоко верующего и церковного.)

По прошению архимандрита Фотия церковь Рождества Богородицы вновь была приписана к Свято-Юрьеву монастырю. Стены храма внутри и снаружи были основательно отремонтированы и расписаны заново, с западной стороны появилась обширная пристройка, сделаны новый пол и глава. После ремонта церковь освящена в 1828 году и при ней основан скит. Первым начальником скита стал иеромонах Аникита (в миру князь С.А.Ширинский-Шихматов). В конце 30-х – начале 40-х годов XIX века из красного кирпича были построены братский корпус, маленькие корпуса начальника скита и юрьевского архимандрита, два хозяйственных корпуса, ограда вокруг монастыря, звонница при церкви «на двух каменных столбах с 6 небольшими колоколами».

В скиту строго соблюдался устав древних монастырей. Женщинам разрешалось появляться здесь лишь раз в году – в день храмового праздника Рождества Богородицы 8(21) сентября. В наше время слово «скит» означает небольшой монастырь с особо строгим уставом, изолированный от мира. Часто скиты создавались при больших монастырях для уединенной молитвенной и аскетической практики части братии. Первоначально же «Скит» было именем собственным – это была пустыня в Египте около Александрии, где с IV по VII век спасали свои души  тысячи монахов.

В августе 1919 года губернским съездом Советов было принято решение о закрытии монастырей в Новгородской губернии. (Последние монастыри в СССР были ликвидированы в ночь на 18 февраля 1932 года, но опять появились вместе с присоединенными в 1940 году землями (Прибалтика, Западная Украина, Западная Белоруссия ), вновь стали открываться в войну на оккупированной территории и некоторое время после войны.)  Перынский скит был разорен и закрыт. Использование построек в 20-е годы неизвестно, а в 30-е годы на острове расположилась рыболовецкая артель. Юго-западный хозяйственный корпус, звонница и ограда были разобраны на кирпич, из которого построено обширное хранилище льда. Церковь использовалась под склад.

Во время войны 1941-1945 гг. по Волхову проходила линия фронта. Скит находился на оккупированной территории, но постоянного гарнизона не имел (союзники немцев – испанцы – размещались в 2 км отсюда – в Свято-Юрьевом монастыре). По сохранившимся воспоминаниям, оккупанты заставляли русских женщин пилить на дрова огромные сосны, посаженные монахами еще при архимандрите Фотии.

После войны на острове работал филиал Новгородского рыбокомбината, который в 60-х годах сменила турбаза. На остров была проложена дамба, между сосен расположились домики для туристов, хранилище льда превратилось в лодочную станцию, на крыше которой – танцплощадка. Древняя обитель превратилась в место развлечений, и даже для туристской экзотики была «украшена» деревянной статуей Перуна…

Раскопки на Перынском холме проводились еще в довоенные годы (например, раскопки новгородского музея в 1933 году), но результаты их не опубликованы. В 1951-1952 годах проводились археологические раскопки под руководством А.В.Арциховского, которые обнаружили следы языческого капища.

Первые обмеры и исследование Перынской церкви проведены в 1947-1948 годах Р.А.Кацнельсон (тогда были обнаружены под слоем кирпича фрагменты фресок ХIII века), а в 1961 году – архитектором Л.Е.Красноречьевым, который и составил окончательный проект реставрации на первоначальную дату (XIII век). Реставрационные работы проведены в 1962-1965 годах (без реставрации интерьера).

В 1991 году Перынский полуостров с храмом и постройками был передан Русской Православной Церкви. После реставрации интерьера Архиепископ Новгородский и Старорусский Лев освятил храм 10 марта 2001 года. Возрождается монастырь – пока как скит Свято-Юрьева монастыря.