Основанный в 1688 году Введенский мужской монастырь был официально открыт в 1692 году по инициативе тогдашнего казанского митрополита Адриана,ставшего позже патриархом. Монастырь основан на месте, где с 1654 года проводилась встреча крестного хода из Седмиозерной пустыни с чудотворной иконой Седмиозерной Смоленской Божьей Матери. Во главе общины стал иеродьякон Стефан Сахаров.

В 1693 году в монастырь по распоряжению патриарха Адриана были перенесены мощи Девяти Кизических Мучеников. Кизик-город находился в Малой Азии на берегу Мраморного моря, а Кизические мученики-христиане, убитые римлянами в 286 — 299 годах, почитаются Греческой и Русской православными церквами — день их памяти 29 апреля. В Россию мощи попали в 1645 году, их привез в дар царю Михаилу Федоровичу кизический митрополит Анемподист.

Мощи, хранившиеся в ковчеге, стали главной святыней монастыря и ежегодно их носили по городу вместе с чудотворной Седмиозерной иконой. Как чудотворные, почитались и две хранившиеся в главном храме монастыря иконы Кизической Божьей Матери и Виленской Божьей Матери, которые пожаловал монастырю его основатель Стефан Сахаров.

Строения монастыря с самого начала возводились из камня. Главный храм монастыря, Введенский, с приделом Кизических мучеников, был по- строен в конце XVII века и представлял собой яр- кий образец русского барокко. Над монастырем господствовала колокольня высотой 56 метров, построенная в 1835 — 1837 годах по проекту казанского архитектора Ф.И. Петонди на пожертвования купеческой семьи Котеловых. Введенский собор, колокольня и зимняя Успенская церковь, выстроенная в 1882 году на пожертвования купца Вениаминова-Башарина, снесены в советское время. Сохранился главный корпус монастыря, соединенный с бывшей надвратной Владимирской церковью. Надвратная церковь (врата, над которыми она построена, были позже заложены) и примыкающая часть корпуса построены в конце XVII века ри патриархе Адриане. Корпус достраивался и в XVIII веке, и в 1830-е годы архитектором Петонди.

Кизический монастырь не отличался богатством. В 1693-1698 годах он служил летней резиденцией Казанского митрополита Маркела. В 1764 году, после секуляризации земель, зачислен в третий класс. Основные доходы он получал от паломников, приходивших к мощам Кизических мучеников, и особенно от крестного хода.
В 1785 — 1794 годах настоятелем монастыря состоял игумен Амвросий (Яковлев-Орлин), известный богослов, позже служивший в Московской духовной академии. С 1830 по 1845 год — архимандрит Гурий, выпускник Нижегородской духовной семинарии, который вел в монастыре бурную строительную деятельность.

С 1861 по 1864 год настоятелем был архимандрит Варсонофий (Охотин), позже епископ Симбирский. В 1860 году на страницах журнала «Православный собеседник» он выступил в защиту крестьян и против крепостного права.
После 1873 года монастырем управляли викарные епископы Чебоксарские, в обязанности которых входило управление церковно-учебным ведомством в Казанской епархии.

В 1875 — 1883 годах фактическим руководителем монастыря стал его казначеи иеромонах Тихон (Сосунцов), пользовавшийся большим уважением в городе за честность и добросовестность. Управляющий монастырем в 1889 — 1893 годах епископ Никанор (Каменский), ставший позже архиепископом Казанским, составил к 200-летнему юбилею монастыря в 1892 году подробнейшее его описание.

Кладбище при Кизическом монастыре было довольно велико и занимало участок почти до нынешнего Дворца культуры химиков. Здесь были похоронены многие известные люди: первый директор Казанского университета Илья Федорович Яковкин, известные ученые, профессора Казанского университета: математик и астроном Иван Михайлович Симонов, математик Алексей Федорович Попов, физиолог Николай Осипович Ковалевский, дед Льва Николаевича Толстого граф Илья Андреевич Толстой, казанский губернатор князь Семен Михайлович Баратаев, видный деятель народного образования, бывший попечитель Казанского учебного округа Николай Михайлович Мусин-Пушкин.

На кладбище находились семейные захоронения казанских купцов Каменевых (в том числе могила поэта и общественного деятеля Гаврилы Петровича Каменева), Дрябловых, Котеловых, Дворовых, Мергасовых, Вениаминовых-Башариных. Здесь же в большинстве случаев хоронили монахов и монахинь казанских монастырей. В советское время кладбище было разрушено.
В настоящее время Кизический монастырь возвращен церкви, началось восстановление разрушенного архитектурного ансамбля.