Алексиево-Акатов монастырь, один из старейших монастырей Воронежской епархии, был основан в 1620 году по обету горожан, в благодарность за дарованную им победу над многочисленным войском литовцев и черкас. Сражение это пришлось на день памяти святителя Алексия, митрополита Московского и всея России чудотворца, которому и был посвящен храм обители. Место для строительства было выбрано на Акатовой поляне – безлюдной, покрытой лесом возвышенности в двух верстах от города, давшей название новой обители. Основателем ее и первым настоятелем стал игумен Кирилл, двадцатью годами ранее (в 1600 году) основавший в Воронеже монастырь в честь Успения Пресвятой Богородицы. Монастырь был устроен на началах пустынножительства, о чем свидетельствует и старинный документ – так называемая сказка игумена Феодосия, в которой обитель именуется не иначе, как «новой пустынью Олексея Митрополита Московского Чудотворца». За короткое время были построены церковь («древена клецки»), келья игумена и четыре кельи для старцев – также деревянные.

Первоначально братство состояло из семи монахов, включая настоятеля (история сохранила их имена: игумен Кирилл, «черный поп» Иосиф, старцы-монахи Савватий, Феодосий, Авраамий, Никон и Лаврентий). Впоследствии число насельников несколько увеличилось, особенно после упразднения Успенского монастыря, который в недолгий, но памятный период пребывания в Воронеже императора Петра I оказался в крайне стесненных обстоятельствах, в непосредственной близости с судоверфями. На протяжении всего XVII – начала XIX века. Алексиево-Акатов монастырь оставался единственной в городе мужской обителью. С того времени настоятели его имели сан архимандрита.

С именем одного из них – архимандрита Никанора – связано появление в Алексиевском монастыре главной его святыни – чудотворной иконы Божией Матери «Троеручица», привезенной из Новоиерусалимского Воскресенского монастыря, где архимандрит Никанор начинал свой монашеский путь и в последние годы был настоятелем. Икона эта, представлявшая собой список с древнего образа, была особенно любима воронежцами, верившими в ее чудодейственную силу.

В царствование императрицы Екатерины II, резко сократившей число монастырей, Алексиевский монастырь был отнесен ко второму классу. По штату ему полагалось 17 человек. За монастырем были оставлены восемь десятин земли и озеро для рыбной ловли.

О жизни монастырской братии этого времени мы имеем очень скудные сведения, но с достаточным основанием можем упомянуть в числе насельников Алексиевского монастыря схимонаха Агапита (в те годы – иеромонаха Аввакума), впоследствии почитаемого задонского старца, подвижника благочестия. Известно, что в течение десяти лет сей богомудрый инок, восприявший в свое время благословение святителя Тихона и его сотаинника схимонаха Митрофана, подвизался в стенах воронежской обители.

Несколькими десятилетиями позднее с Алексиевским монастырем оказалось связано имя другого задонского подвижника: имеются сведения, что сюда первоначально поступил оставивший военную службу молодой дворянин Георгий Алексеевич Машурин, впоследствии затворник задонский, чья подвижническая жизнь и чьи письма, многократно издававшиеся, повлияли на многих ищущих спасения.

Вообще же сведения об Алексиево-Акатовом монастыре в XVIII–XIX веках касаются более внешней, официальной стороны его жизни. Наиболее известны труды настоятелей по строительству и благоукрашению обители, их духовно-просветительская деятельность (с 1796 года эта должность традиционно стала совмещаться с должностью ректора духовной семинарии; с 1742 года монастырь был под управлением викарных епископов Острогожских). Архимандритом Иларионом (Боголюбовым) было составлено «Описание Воронежского Алексеевского Акатова мужского второклассного монастыря» (1859), наиболее полное для своего времени. Конец XIX века отмечен особенным расцветом просветительской деятельности в стенах обители, во многом благодаря трудам ее настоятеля Преосвященного Владимира (Соколовского), имевшего большой миссионерский и педагогический опыт. В это время при монастыре действовал Епархиальный училищный совет и Епархиальный комитет Православного Миссионерского общества, размещалась учительская и регентская школа, проводились воскресные религиозно-нравственные чтения со световыми картинами, был создан прекрасный хор мальчиков (их обучению уделял немало внимания сам Владыка Владимир).

На протяжении XVIII–XIX веков обитель продолжала строиться и благоукрашаться. В 1804–1819 годах была построена двухэтажная каменная церковь, сохранившаяся и ныне действующая. Нижний храм был освящен в 1812 году во имя святителя Алексия (в настоящее время – в честь Владимирской иконы Божией Матери), верхний – в 1819 году в честь Воскресения Христова (ныне – во имя святителя Алексия). Строительство велось по проекту губернского архитектора И. Волкова на пожертвования купеческой вдовы Евдокии Аникеевой. Прежний, также каменный, храм был разобран в 70-е годы XIX века. Колокольня, оставшаяся от него, в настоящее время является самой древней постройкой в Воронеже (1674).

О жизни монастырской братии, их трудах и молитвенных подвигах, тайных скорбях и утешениях история умалчивает. До нас дошли только немногие имена, не сохранились фотографии (возможно, их и не было). Жизнь эта сокровенна в Бозе. Но самое возрождение обители почти через столетие не является ли свидетельством, что труды их и молитвы не были тщетны?

Огненные испытания, выпавшие на долю Русской Церкви в ХХ веке, не миновали Алексиевского монастыря. Ранее малоизвестный, он в 20-е годы, когда многие храмы в Воронеже были закрыты или заняты раскольниками-обновленцами, на некоторое время становится центром духовной жизни города, местом пребывания епархиального архиерея. Здесь жил и был погребен в 1926 году митрополит Владимир (Шимкович), смиренный старец-архипастырь, стойкий защитник Православия пред лицом богоборческой власти.

На близлежащей улице находился сохранившийся до настоящего времени дом священномученика Петра (Зверева), чье недолгое (около года) служение в Воронеже стало одной из ярких страниц в истории города. Монастырь был местом, где Владыка нередко совершал богослужения и произносил проповеди, собиравшие множество верующих, которые видели в Преосвященном архиепископе Петре истинного служителя Божия, хранителя чистоты Православия и уставов церковных, «совершенного в ревности и любви к Богу, в жалости и любви к людям». Настоятелем Алексиевского монастыря в то время был архимандрит Иннокентий (Беда), ближайший к Владыке человек, его келейник и сотаинник, вместе с ним сосланный в Соловецкий лагерь и там отошедший ко Господу в 1928 году (годом раньше священномученика Петра).

В 1930 году восприял уготованную ему чашу страданий за Христа последний настоятель Алексиево-Акатова монастыря архимандрит Тихон (Кречков), обвиненный в якобы контрреволюционной деятельности и расстрелянный в окрестностях города 2 августа, в день памяти пророка Божия Илии. Сохранившийся протокол его допроса – неоспоримое свидетельство твердости в вере и глубокой непоказной мудрости. За простыми, на первый взгляд, ответами явственно звучит обличение богоборцев: «Ни я, ни другие не говорили, что иметь что-либо с безбожниками – это значит распинать Христа… Будучи в селах, я разговоров о гонении на религию не вел, но такие разговоры среди крестьян были…». Вместе с настоятелем приняли страдания братия монастыря иеромонахи Георгий (Пожаров) и Косма (Вязников), служившие в монастыре священники Феодор Яковлев и Сергий Гортинский. Все они канонизированы на Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви 2000 года как новомученики.

Летом 1931 года Алексиево-Акатов монастырь был закрыт. Об участи, постигшей последних его насельников, документальных сведений не осталось. С этого времени на протяжении нескольких десятилетий святое место было предано поруганию и разорению. Все имущество монастыря, богослужебная утварь, чтимые иконы (в том числе чудотворный образ Пресвятой Богородицы «Троеручица»), библиотека и архив были изъяты и исчезли бесследно. Храм и другие монастырские здания использовались различным, нередко самым неподобающим образом. В разное время здесь были жилые квартиры, художественные мастерские, склады, конюшни. Надругательству подвергались могилы на монастырском кладбище, впоследствии сровненном с землей и заросшем бурьяном. Над этой печальной картиной запустения возвышалась старинная колокольня, еще в 70-е годы взятая под охрану как исторический памятник и в 1986 году частично отреставрированная.

Восстановительные работы начались здесь с 1990 года, после передачи монастыря Воронежской епархии. По благословению Святейшего Патриарха Алексия II на этом месте была открыта женская обитель. 4 ноября 1990 года, в день празднования Казанской иконы Божией Матери, в храме возобновленного монастыря была отслужена первая Божественная литургия. 4 января 1992 года был совершен первый постриг десяти сестер, в том числе монахини Варвары (Сажневой), в апреле того же года ставшей настоятельницей и в апреле 1993 года возведенной в сан игумении.

В настоящее время в обители в трудах и молитвах служат Господу более пятидесяти сестер. Несколько инокинь постоянно живут и трудятся на хозяйственном подворье монастыря, расположенном недалеко от города, где с любовью ухаживают за коровами, телятами и домашней птицей. В сельской местности имеется участок земли, куда сестры выезжают на сезонные работы. С 1994 года в обители существует детская воскресная школа, в которой занимаются дети от 5 до 15 лет. Сестры преподают им Закон Божий, церковнославянский язык, основы живописи и церковного пения.

На территории монастыря восстановлены все уцелевшие здания (храм, колокольня), построены келейные корпуса, трапезная, часовня для водосвятных молебнов и часовня в честь новомучеников Воронежских с мозаичными иконами. Взамен утраченных храмовых росписей были выполнены новые. Вначале группой воронежских иконописцев под руководством Вадима Гладышева был расписан нижний храм. Несколько лет продолжалась работа над росписью верхнего храма, выполненной в технике фрески елецким иконописцем Владимиром Марченко. По завершении работ храм был вновь освящен Высокопреосвященнейшим Сергием, митрополитом Воронежским и Борисоглебским, в день памяти святителя Антония (Смирницкого), прославленного в лике местночтимых святых в 2003 году.

В 1999 году Алексиевскому монастырю была передана Введенская церковь (в прошлом, до закрытия, приходская), одна из красивейших церквей Воронежа. В настоящее время обитель святителя Алексия принимает множество богомольцев, приезжающих из разных мест поклониться воронежским святыням.