Первая христианская церковь была основана в Шенкурске, по всей вероятности, в XIII веке. В XV веке, когда христианство в наших краях утвердилось, близ Смотроковки был основан Богословский-Важский монастырь, в XVI – Кодемская пустынь, в XVII –Никольско-Вехопаденьгская, Верхошереньгско-Вознесенская и Введегско-Уздринская (в Липовской волости), а также Троицкий монастырь в Шенкурске.

Монастырь был расположен на возвышенном месте восточной оконечности города, на берегу Екатерининского ручья; прежде на этом месте была приходская Екатерининская церковь, рядом – деревянная церковь во имя св. Троицы. При упомянутых церквях жили престарелые бедные женщины, называвшиеся екатерининскими старицами, питаясь подаянием молящихся. Из этих церквей – Троицкой и Екатерининской – и общины стариц при них и основался в 1664 году Свято-Троицкий женский монастырь. Разрешение на открытие монастыря исходатайствовала у царя Алексея Михайловича инокиня Марфа, которая и стала первой игуменьей. За бедностью монастыря, она уже на следующий год вторично отправилась в Москву и просила царя о вспоможении на строительство обители. Алексей Михайлович повелел из государственных доходов построить вокруг монастыря деревянную ограду, затем были выстроены 22 кельи для монахинь и причетников. Грамотой (1672г.) Алексей Михайлович повелевал из государственных доходов выдавать ежегодно жалованья игуменье 1 рубль, 44 старицам – по 8 алтын и 2 деньги. Также царь прислал в дар монастырю тафтяные ризы с бархатными зелеными оплечьями для священников и 7 печатных книг.

Грамотою царевичей Иоанна и Петра Алексеевичей и царевны Софьи Алексеевны монастырь «ради скудности и нищенства» был наделен землей и несколькими душами крестьян для обработки той земли. Земля эта (26га) находилась подле деревень Ягодина и Палкина, на правой стороне р. Ваги, что на Перевозе, в полуторых верстах от монастыря.

В это время ценные дары и пожертвования монастырю присылали бояре Нарышкины, Милославские, Морозовы, Хитровы, Голицыны, вклады делали важские воеводы и коменданты Козловский, Мышецкий, Вяземский, Соловьев. Последний построил на собственные средства церковь во имя Святой Троицы и снабдил ее церковной утварью.

В 1717г. Указом императора Петра I монастырь из дворцовых земель был вновь наделен землею – Новоприсадным островом, что в Федорогорсой волости, где находилось свыше 27 десятин (29 га) покосу. В 1719 г. на колокольне монастыря были установлены часы с боем, ход которых заводился, по древнему обычаю, на два отделения: дневное и ночное. В следующем году граждане города построили около монастыря новую рубленную ограду, крытую на два ската.

В начале царствования Екатерины II была проведена секуляризация – перераспределение церковной и монастырской собственности в пользу государства. В 1764 году последовало Высочайшее повеление – все бедные монастыри и пустыни упразднить, вследствии которого Шенкурский Свято-Троицкий девичий монастырь, признанный бедным, вместе с Богословским монастырем и всеми вышеуказанными пустынями, был упразднен, а 4 монахини его были переведены в Холмогорский Успенский женский монастырь. Монастырь был переименован в Свято-Троицкую белохрамную церковь, а через 15 лет состоялся обратный процесс: был образован заштатный мужской монастырь с тем же названием и настоятелем его определен игумен Макарьевской пустыми Ириней. Таким образом, это был единственный монастырь, возродившийся в Шенкурских краях. В 1800 г. Монахи получили для рыбной ловли озеро Лум (Святое). В 1857г. земельные владения монастыря пополнились лесным участком в 150 десятин (163 га) в Уздринской лесной даче.

Подчинение церкви государству отразилось на церковном строительстве. Характерным явлением для второй половины XIX в. стала массовая постройка каменных церквей, построенных часто по стандартным проектам.

В 1853 г. была составлена комиссия по строительству в монастыре нового храма, и 1 ноября того же года был заложен крестообразный по плану каменный огромный храм. В комиссию, кроме священнослужителей, вошли коллежский асессор Александр Дьяков и купец Карманов. Несмотря на все старания комиссии, здание храма в продолжении 12 лет не доведено было даже до сводов за недостатком денег. Церковный собор был очень скуден, добровольных пожертвований почти не поступало, по газетным объявлениям было получено до 890 рублей, а требовалось 8 тысяч.

Ущерб благосостоянию монастыря нанес пожар, случившийся среди дня 11 августа 1857 г., от которого сгорела церковь Святой Троицы (Екатерининская церковь сгорела еще раньше), колокольня, кладовые, часть монастырской стены, монастырский архив и церковное имущество: дорогие оклады, икона пожертвованная Анной Иоанновной и многое другое. После этого пожара в монастыре не оказалось почти никаких строений, кроме строившегося каменного храма, двух деревянных келейных корпусов да маленькой деревянной бани, построенной для братии на Екатерининском ручье (братии в то время было 5 человек). Деревянная рубленная ограда после пожара в некоторых местах была заменена простым забором. Вот тот не радостный вид, в котором Шенкурский монастырь вновь перешел в 1865 г. к монахиням. Столетний период существования мужского монастыря показал, что он не соответствовал местным религиозным потребностям и постепенно пришел к совершенному упадку. Тридцать сестер из Холмогорской обители во главе с настоятельницей Феофанией деятельно принялись за возобновление своего нового «дома». Для возобновления церковного собора на средства члена строительной комиссии чиновника Дьякова была выстроена небольшая деревянная церковь во имя Апостолов Петра и Павла. Это была невысокая церковь, длиной 18 м, шириной 5 м, обшитая тесом, отштукатуренная внутри. Впоследствии эта Петропавловская церковь была перенесена на территорию тюрьмы. Было продолжено строительство каменного храма и уже в 1867 г. были подняты кресты на храм и колокольню, а через год и колокола.

В 1872 г. было закончено убранство иконостасов в верхнем этаже нового храма Святой Живоначальной Троицы и освещены последние престолы при многочисленном стечении народа.

Об этом храме, как наиболее интересном из сохранившихся архитектурных памятником Шенкурска, стоит сказать подробнее. Он представлял из себя огромное сооружение, основное помещение которого, квадратное в плане (20х20 м), было высотой около 12 метров, а трехъярусная колокольня со звонницей, шпилем и крестом около 25 метров. Храм был «крестообразный» – его внутренние каменные своды 1 и 2 этажа, уникальные в инженерном исполнении, опирались на 4 столба. Кафоликон завершался восьмериком с барабаном и главкой. В восточно-алтарной части выделялась полукруглая аспида с ложным окном. По фасаду «волнами» располагались по 3 полуколонны с лепными капителями, между которыми – высокие окна с красивыми фронтонами и ложными порталами. В западной части храма рядом с колокольней находился входной порта, украшенный башенкой.

Сложенные из кранного кирпича стены храма толщиной 100-120 см были оштукатурены, а цоколь облицован белокаменными блоками. Величественный и пропорциональный храм Святой Троицы стал необходимой вертикальной доминантой центра города, придал ему «третье измерение» и вместе с этим художественную и историческую неповторимость.

В 1867 году был построен деревянный корпус для помещения настоятельницы и сестер. В 1871 г. была закончена кладка новой каменной ограды примерно трехметровой высоты с 5 башнями, украшенными шпилем, в одной из которых была устроена часовня. На Троицкую площадь (на место нынешнего кинотеатра «Победа») были обращены огромные парадные ворота с 8 колоннами, завершающиеся башенкой с куполом и крестом. Большие створки ворот растворялись по праздникам, в будни открывался только ход сбоку. Стена проходила вдоль ул. Троицкой (ныне ул. Ленина), Воскресенская (К. Либкнехта), поворачивала на Петербургскую (Ломоносова) и возвращалась к Троицкой, не захватывая дом для странников и богомольцев, выстроенный позднее – в конце прошлого столетия на пожертвованные одним московским благотворителем – купцом 4 тысячи рублей. В 1881 г. был готов храм во имя Зосимы и Саватия – Соловецких чудотворцев, через год – каменный двухэтажный корпус при нем.

Кроме того, в 1870-е годы был обновлен и украшен храм в принадлежащей монастырю Макарьевской пустыни (во имя Макария Уиженского), а также построен близ него деревянный дом с хозяйственными службами для священника.

В пустыни также имелись два небольших деревянных корпуса с кельями, в которых жили послушницы монастыря, занимавшиеся полевыми работами и уходом за скотом, и скотный двор с прочими хозяйственными строениями, на котором содержалось до 20 штук рогатого скота. При Макарьевской пустыни состояло 46 гектаров земли, в том числе под лесом.

Во второй половине прошлого столетия монастырь принял в качестве пожертвований от частных лиц землю, иконостас для Свято-Троицкого храма, иконы, дорогие сребропозлащенные ризы с украшениями. На пожертвования разных благотворителей был отлит и привезен в монастырь колокол весом 1760 килограммов.

Ежегодно здесь отмечались местные храмовые праздники. Торжественно, при многочисленном стечении народа отмечались дни Святой Троицы, Покрова, Пресвятой Богородицы, Святого чудотворца Николая, Святых Соловецких чудотворцев Зосимы и Саватия. Особое значение придавалось празднику 12 (24) июля в честь Божьей Матери Троеручницы, считавшейся покровительницей монастыря, неоднократно спасавшей его от пожаров. После божественной литургии в этот день Святую икону обносили вокруг монастыря с крестным ходом и молебенным пением. Потом на монастырском дворе устраивалась трапеза для нищих и дальних богомольцев, число которых достигало 400 и более человек.

Функция общественного призрения воплощалась и в том, что при обители содержались немощные и больные, за которыми ухаживали монахини. В начале вашего столетия стараниями игуменьи Рафаилы в обители была устроена столовая для бедных, в которой кормили почти круглые сутки, в том числе и запоздалых путников.

Следует подробнее рассказать и о некоторых других настоятельницах Свято-Троицкого монастыря. Описатели истории обидели подчеркивают «ум, добродетели, строгую подвижническую жизнь» игуменьи Евфимии, которая была настоятельницей с 1727 по 1749 гг. Крестьянская девица из семейства Подосеновых из деревни на перевозе возле Шенкурска, «она была лично известна императрице Анне Иоанновне и получила в дар от нее образ Пресвятой Богородицы, гарусные четки и хлеб. Евфимия была отличная мастерица вышивать на тканях золотом, серебром и шелками. Приготовив превосходной работы воздухи и покровы, она поднесла их Анне Иоанновне». Отмечаются не только любовь и строгий надзор игуменьи Евфимии за монахинями, но и забота о гражданских города: «счастливые делили с ней свои радости, избитые горем находили в ней утешение и помощь».

Игуменья Феофания (настоятельница в 1866-1888 гг.) была «старица милосердия, кроткая, а сестрам мать чадолюбия». В ее управлении обитель пришла в цветущее состояние, было возведено множество каменных построек, за что она была награждена сребропозлащенным крестом Синода и золотым крестом с брильянтовыми украшениями из кабинета Его Величества. Также золотым наперсным крестом была награждена и следующая игуменья – Арсения.

Рост благосостояния Шенкурской обители позволил содержать значительное число сестер. В 1917 году в монастыре находилось 64 монахини и 54 послушницы. До обряда пострижения послушницы носили островерхи клобук и выполняли каждое свое послушание. Рассказывают шутку, что девочке-подростку, поступившей в монастырь, определили в качестве послушания «гонять галок с крыши». Монахини носили черную сутану и туесообразный головной убор. Настоятельницы, некоторые монахини в преклонном возрасте нередко принимали схиму – высшую монашескую степень – и давали обед выполнения более суровых монашеских правил. Схимницы носили черную сутану с нашитыми белыми крестами.

Главными занятиями сестер были уход за животными и обработка земли. У перевоза, недалеко от Шенкурска, также стоял скотный двор и дом, где жили монахини, ухаживающие за скотом. Внутри монастыря был огород, там выращивали овощи. Росли так же яблони, сирень, кедры. Монахини вышивали шелком, бисером, простегивали одеяла. В одноэтажном доме за церковью Зосимы и Саватия была пекарня, где пекли просвирки с рисунком в виде «восьмерки» для говенья, которое раздавали прихожанам после службы.

Территория монастыря была чистой и благоустроенной. В таком состоянии монастырь встретил революционные события в Шенкурске в начале 1918 года.

К апрелю восемнадцатого у Шенкурского монастыря органами Советской власти было конфисковано 542 гектара земельных угодий (вместе с землями пустынь). На VI общеуездном съезде крестьянских депутатов в 1918 году председатель земельного отдела Голубев отметил: «На съезде, а, следовательно, и в уезде есть два течения. Первое, большинство, стоит за отнятие земли у монастырей, церквей и духовенства, и только некоторые, введенные в заблуждение, стоят за то, чтобы эту землю у них оставить». Депутаты съезда приняли резолюцию: «Отдачу и отвод земель и лугов для пользования монастырям, церквям и духовенству считать недопустимым».

После освобождения города от интервентов в апреле 1919 года начали производиться работы в советском хозяйстве при скотном дворе монастыря с числом рабочих 20-30 человек. Советское хозяйство было образовано и в Макарьевской женской пустыни – 1-я Мартовская трудовая сельскохозяйственная коммуна.

Инструктор губисполкома Цыкарев приехал в Макарьевскую пустынь, «для принятия на учет всего живого и мертвого инвентаря, принадлежащего этой пустыни, дабы тем сохранить находящееся там имущества от расхищения». Он же добровольно вызвался «организовать в пустыни ….. коммуну». Но, как показала проведенная через месяц проверка, из семи членов коммуны только один является работником, остальные состояли на службе в различных учреждениях, а потому «эксплуатировалась религиозность оставшихся там монахинь».

Вскоре было принято решение коммуну ликвидировать, а «Макарьевскую пустынь присоединить к советскому хозяйству в г. Шенкурске». В Уздреньгском советском хозяйстве в 1920 году работала 31 монахиня «трудового элемента», в Макарьевском – 20, в Шенкурском – 21, в городских мастерских – 33. Последние размещались при бывшем монастыре, здесь же жили и нетрудоспособные монахини. Все они продолжали отправление религиозных обрядов в храмах. Действовало заключенное в июне 1919 года соглашение коллектива верующих с Шенкурким горкомхозом о принятии в бессрочное пользование и бесплатно трех каменных церквей, в том числе – одной кладбищенской – Всех Святых. При этом все здания оставались собственностью Советской власти.

Однако в феврале 1920 года в помещении бывшего монастыря были размещены отделы здравоохранения и социального обеспечения. Вскоре на имя Совнаркома поступило ходатайство коллектива верующих о возвращении монастыря монахиням. Просьба не была удовлетворена, но отделы исполкома было решено переместить из монастырских зданий. Однако решение не выполнили.

Весной 1922 года в связи с голодом в Поволжье в уезд пришло постановление об изъятии церковных ценностей. Архангельский епископ Антоний прислал шенкурскому благочинному Назарьину телеграмму, «чтобы духовенство убедило верующих пойти на встречу Советской власти ради спасения голодающих».

В Свято-Троицком монастыре были изъяты ценности общим весом 28 фунтов 71 золотник (11,5 килограмм): два напрестольных креста, три наперсных креста с цепями, дарохранительница, потиры и др. Кроме того, игуменья Рафаила пожертвовала 2 медали, 1 Георгиевский крест, 1 цепь и 2 оклада с маленькими иконами.

В июне 1923 года было начато очередное наступление на монастырь. Созданная исполкомом комиссия обследовало состояние зданий. Было установлено, что они надлежащим образом не ремонтируются, а в монастырской каменной церкви нижний этаж используется не для религиозных целей, а для житья монахинь (15 чел.)… при этом в целях концентрации всех отделов (исполкома) в одном месте для удобства взаимоотношений с оной стороны и более быстрого обслуживания местных органов и населения… с другой, все госорганы за исключением военкома, местхоза и финотдела переведены в монастырские корпуса. Помимо того, что колокольный звон нарушает спокойную работу этих учреждений, а особенно отражается на проводимых заседаниях или совещаниях, присутствие в районе функций госучреждений богослужения вообще, а самих монахинь в особенности, вредно отражается на политических религиозных взглядах посетителей…».

В результате 17 июля 1923 года губисполком принял решение о закрытии монастыря. С годами язык документов менялся. В 1924 году председатель уездисполкома Щеголихин составил докладную записку, что «ШенУМК своевременно данного постановления в жизнь не провел», тем временем «свившееся гнездо «Черни» под нелегальным руководством административно-ссыльного священнослужителя протоиерея Рудинского… преподнесли новые условия уездисполкому». В 1925 году верующие обратились во ВЦИК.

Наконец, была создана ликвидационная комиссия, которой были изъяты для передачи в Гохран все драгоценные металлы и камни, украшающие иконы и другие вещи, «местному УНО для музея – все исторические ценности», для передачи в Госфонд изъяты 17 медных колоколов разных размеров из церквей монастыря в Шенкурске, колокола из церкви в Уздринской пустыни и 6 колоколов – в Макарьевской пустыни. Монахини разъехались кто куда. После переустройства Свято-Троицкой церкви в 1926 году в верхнем этаже разместили «кино» «Революция», в нижнем – краеведческий музей.