Спасо-Каменный принадлежит к первому поколению монастырей на Европейском Севере, учрежденных в 12-13 веках. Появившийся на острове, окруженном водой и непроходимыми лесами, в условиях, когда основная часть населения на Севере оставалась языческой, он стал проводником христианства.

В 1269 году белозерский князь основал Спасо-Каменный монастырь по обету, данному им во время жестокого шторма, застигшего его судно в Кубенском озере во время путешествия из Белозерска в Устюг. Глеб Василькович повелел воздвигнуть на острове, к которому он причалил во время шторма, храм в честь Преображения Господня.

Но до посещения острова князем в 1269 году остров не был пустынным. Князь увидел на  острове несколько пустынножителей – около 23 человек, – которые занимались проповедью Христовой веры среди прибрежных жителей – язычников. Впоследствии постриженники его основали на Кубенском побережье новые монастыри. Обитель стала метрополией, подобно Троице-Сергиевой лавре.

При великом князе Димитрии Ивановиче Донском игуменом был назначен пришелец из Константинополя - постриженник Афона - Дионисий. Он ввел в обители устав афонских обителей, заложил традиции, которые сформировали престиж, авторитет и славу монастыря на несколько столетий вперед. Это был незаурядный человек, молитвенник и подвижник, талантливый церковный деятель. Впоследствии он стал епископом Ростовским. Во время его игуменства приняли постриг знаменитые вологодские святые, основатели новых обителей - Александр Куштский и Дионисий Грушитский.

Другой настоятель - игумен Кассиан, оставил в обители добрую память, хотя и не был причислен к лику святых. Он был свидетелем преподобного Кирилла Белозерского и принес образ мыслей и жизни чудотворца в Спасо-Каменный, чем еще больше укрепил неповторимый облик монастыря.

Обстановка в монастыре на крошечном острове способствовала полной отрешенности от мира, углублению ума и сердца в церковную службу, самого себя. По строгому уставу афонский киновий в монастырь был запрещен вход женщинам, бани вынесены за его территорию на песчаные отмели. К ним монахи проложили по дну озера дорогу, которая каждую весну скрывается под водой, а осенью вновь появляется. Отмели так и называются с тех пор - Банные.

Во время игуменства Кассиана просияла в обители звезда угодника Божия, юного князя Иоасафа. Жизнь его вызывала удивление и восхищение братии. После кончины преподобного, мощи его прославились нетлением и чудесами и стали святыней монастыря.

В 1447 году Великий князь Василий Тёмный с супругой и детьми во время богомольной поездки по северным монастырям посетил обитель и принес в дар богатые земельные вклады в обитель и чудотворную икону Спаса Эмануила, принадлежавшую его деду Дмитрию Донскому, привезенную из Царьграда.

Два представителя Русской Православной Церкви скончались и были погребены в Спасо-Каменном: Митрополит Зосима (1490-1494) и Митрополит Варлаам (1511-1522). Опальных первосвященников, оставивших кафедру, хоронили не в Успенском Соборе Московского Кремля, а в монастыре, где они пребывали на покое.

Сохранилось 68 имен настоятелей монастыря. Двадцать шестым значится имя архимандрита Александра, второго епископа, вышедшего из стен обители. Архимандрит Александр имел первоклассную по тому времени библиотеку. Он сам занимался перепиской и редактированием книг для нее.

В 1453 году в обители скончался святой Благоверный князь Иосас-Каменский, прожив в монастыре пять лет. В мире князь Андрей, сын Заозерского князя Дмитрия Васильевича Меньшого.

Втянутый в большую политику, островной монастырь был идеальным местом для заточения опальных политических и церковных деятелей. Сюда был сослан один из вождей старообрядческой оппозиции Иван Неронов, полоцкий епископ Арсений Шишка, вице-президент Св. Синода Георгий Дашков, принявший здесь схиму с именем Гедеон. Вологодский священник Василий Сиротин был определен под надзор настоятеля.

Спасо-Каменный был крупнейшим хозяйственным центром края. Почти все монастыри Севера имели земельные угодья, но лишь один из трех владел еще и крестьянами. К таким крупным вотчинникам принадлежал Спасо-Каменный. Влиятельные князья и именитые бояре делали в монастырь вклады на помин души. Во время наивысшего экономического расцвета на острове проживали 93 монаха. В Вотчинах насчитывалось 7 сел, 4 сельца, 98 деревень, а в них 819 душ крестьян-мужчин, в Вологде два подворья, а в Тотьме две соляные варницы.

О престиже монастыря говорит и то, что, начиная с середины XVI века, вместо игуменского, он имеет архимандритское настоятельство. О роли, которую занимал Спасо-Каменный среди Российских монастырей, можно судить по тому, что подпись его настоятеля в документе об учреждении Московского Патриаршества в 1589 г. была двадцать четвертой, выше всех вологодских настоятелей.

 

Частые пожары преследовали монастырь. В 1476 г. будучи весь деревянным, Спасо-Каменный сгорел дотла. В 1481 году Сын Василия Тёмного Андрей Меньшой князь Вологодский на свой вклад построил в монастыре каменный Спасо-Преображенский храм, "первый каменный и первый по красоте" на всем Севере. Кирпич для его строительства возили из Твери и Старицы. Строил ростовский зодчий Прохор Ростовец

В декабре 1528 году Великий князь Василий Иванович с супругой посети в обитель пожаловали 60 рублей на строительство навой теплой Успенской церкви. 

Но только в1543-1548 годах строительство Успенской церкви состоялось. Возводили новый храм ростовские мастера Пахомий Горяинов и Григорий Борисов. В 1561 году царь Иван Грозный прислал в дар обители колокол. 

В 1558 году был возведена третья каменная церковь во имя Усекновения Главы Иоанна Предтечи. Она находилась на восточном берегу вблизи от воды, постоянно разрушалась и требовала ремонта. Сгорела она при пожаре 1774 г. и более не восстанавливалась. 

В 1657 году в обители произошел второй пожар. Сильно пострадал Спасо-Преображенский храм. После чего храм перестраивался и потерял первоначальный облик.

По опись 1670 года число братии и слуг, проживающих в монастыре, составляло 94 человека, в монастырских вотчинах насчитывалось 7 сел, 4 сельца, 98 деревень, а в них 819 душ крестьян мужского пола. У обители было два подворья в Вологде и две соляные варницы в Тотьме.

24 июля 1774 г. монастырь сгорел в третий раз. Виновником стал один из содержавшихся тогда в монастыре ссыльных “сумасшедший”, который был переведен в Кирилло-Белозерский монастырь. Но это был уже другой исторический период. Прошли Петровские реформы, вышел Манифест Екатерины Второй о секуляризации церковных имуществ, земель и крестьян. Обитель была переведена на государственное содержание в третий класс с настоятельским игуменским. Количество монахов не превышало 15-20 человек. При таком положении дел о самостоятельном восстановлении не могло быть и речи. Вследствие этого Указа Св. Синода Спасо-Каменный был упразднен. Настоятель, монахи, ризница и утварь переведены в Вологодский Святодухов монастырь.

Двадцать шесть лет он находился в забвении. Однако уже в 1801 году усердием дворян и купечества вологодского и кадниковского уездов, начальников прибрежных волостей, местных крестьян монастырь возрожден с именем "Спасо-Преображенская Белавинская пустынь". И только в 1892 году по указу Синода обители было возвращено первоначальное имя.

Монастырь превратился бы в типичную провинциальную обитель с богатым и бурным прошлым, скромным настоящим, если бы не иное предназначение. Монастырь стал спасателем в буквальном смысле слова. В 1812 году в монастыре нашли убежище московские монахи, скрывшиеся от Наполеона. Они построили второй этаж над трапезной для братско-настоятельских келий. 

В 1876 г. на острове с разрешения епархиального начальства была открыта первая и единственная в губернии спасательная станция по линии Императорского Российского Общества спасения на водах. Как бы сам Спаситель подавал руку помощи гибнущим на озере людям, говоря: “Это я, не бойтесь!”

На крыше братско-настоятельского корпуса был установлен маяк - большой мощности керосиновая лампа в специальном застекленном сооружении. Его свет был виден в хорошую погоду за 20 верст, а в плохую за 4 версты. В Петербурге на заводе Орлова был отлит именной колокол и доставлен на остров, чтобы подавать звуковой сигнал во время туманов и зимних метелей. Вес его 5200 кг.

 

Четыре матроса-гребца под руководством атамана и немногочисленная братия днем и ночью, зимой и летом спешили на помощь терпящим бедствие людям, при этом каждый раз рискуя собственной жизнью. Руководил работой станции настоятель - архимандрит Павел. Он лично принимал участие в спасательных работах. Был награжден именной серебряной медалью “За спасение погибавших на море” и дипломом с личной подписью императрицы.

Жизнь монахов на острове проходила в постоянной борьбе со стихией. В 1864 г. вода поднялась так высоко, что затопила нижний этаж храма. В 1914 г. ледоходом повредило здание спасательной станции, проломило крышу деревянного каретника, полностью разрушило баню. В 1915 г., в апреле к стенам братско-настоятельского корпуса пригнало огромную гору льда. По ней вынесло на крышу крупные льдины, пробило ее и разбило маячное помещение. А однажды, вытеснило из воды и забросило на крышу келий камень, весом более пятисот пудов. Немалых трудов стоило обитателям острова вернуть его на место. По этой причине почти ежегодно приходилось ремонтировать здания.

 

Закрыт был Спасо-Каменный в июне 1925 года. Провести процедуру закрытия было поручено начальнику волостной милиции. Для определения ценности предметов в состав комиссии входил заведующий художественным отделом Губмузея И. В. Федышин. В связи с массовым закрытием церквей и монастырей он вел напряженную работу по учету, выявлению и сбору произведений древнерусской живописи и культуры. Благодаря его подвижничеству удалось сохранить немало памятников старины.

Была составлена опись. Часть предметов передали в музей. Оставшееся имущество, в том числе 8 пудов архивных документов, оставленных временно на острове, бесследно исчезли. Настоятелю, иеромонаху Анатолию и пяти монахам было приказано в ближайшее время найти другое место жительства. Трех послушников признали укрывающимися от военной службы и дело послали в милицию.

Жилые помещения передали Губотделу народного образования для устройства колонии для малолетних преступников. В июле детей привезли на остров. А в сентябре в монастыре возник пожар. Выгорели братско-настоятельский корпус, трапезная и колокольня. Рухнули перекрытия, обвалились своды и стены. На Преображенском соборе сгорела кровля. Из пяти глав сохранилась только одна. Уцелели три колокола: большой, принадлежащий спасательной станции, и два маленьких. Меньше всего пострадала каменная гостиница. Она требовала лишь небольшого ремонта.

Местные жители рассказывают, что в 1937 г. Спасо-Преображенский собор был взорван. Требовался кирпич для строительства дома культуры. В момент взрыва обрушился свод. Абсиды, стены четверика и приделов разломились на крупные фрагменты. Колокольня получила незначительный наклон в юго-западную сторону и вертикальные трещины в стенах.

Кирпич, из которого выложены стены Спасо-Преображенского храма, ручной работы. Он занимает промежуточное положение между домонгольской плинфой и брусчатым кирпичом, поэтому разобрать кладку оказалось невозможным.

На южном берегу установили метеооборудование, а на колокольне навигационный маяк. На острове организовали пункт по приему и переработке рыбы. В древних погребах соорудили ледник. Коптильня размещалась в восточной части гостиницы, а в западной жила семья мастера. Во время войны рыбу отправляли на фронт.

В середине 60-х годов прошла еще одна акция по разорению монастыря. С ведома районного начальства вывезли несколько барж бутового камня, который служил для укрепления берегов. Камни эти использовали при строительстве на других объектах. Районное управление культуры держало на острове сторожа для охраны уцелевших зданий. В 1971 г. эту должность сократили. Через неделю после ухода сторожа гостиницу сожгли.