Стефано-Махрищский монастырь находится в пятнадцати километрах от города Александрова (Владимирская область), у слияния рек Молокчи и Махрищи. Обитель была основана в середине XIV века преподобным Стефаном, выходцем из стен Киево-Печерского монастыря, который поставил здесь храм во имя Живоначальной Троицы, соорудил келью, и вскоре вокруг него собралась братия, а сам он стал игуменом.

В конце XV века в монастыре случился сильный пожар, который почти полностью истребил все постройки. Монастырь оказался в крайнем запустении. В 1557 году игуменом стал Варлаам, прадед которого, иеромонах Серапион, подвизался в Махрищском монастыре, помнил преподобных Сергия и Стефана и, будучи уже древним старцем, много рассказывал о них правнуку. Игуменство Варлаама было временем расцвета обители, число братии составило более 60 человек.

При построении нового каменного храма Святой Троицы в 1557 году были обретены нетленными мощи преподобного Стефана. По благословению священноначалия мощи преподобного были оставлены под спудом, а над ними сооружена церковь в честь преподобного Стефана, ставшая северным приделом Троицкого храма (впоследствии перестроена в отдельную церковь). Освящен придел был в 1558 году в присутствии Иоанна Грозного и его супруги Анастасии, пожертвовавшей облачения на престол, пелены к иконам и покров на раку преподобного Стефана.

После Смутного времени новый подъем Стефано-Махрищского монастыря связан с именем митрополита Московского Платона (Левшина, 1731-1812), выдающегося богослова и проповедника. Владыка полюбил Махрищский монастырь и в летнее время две-три недели проводил в его стенах. Попечением митрополита Платона сооружены каменная ограда (1791-1792), над восточными воротами — церковь преподобного Сергия Радонежского (1792), а над северными — первоверховных апостолов Петра и Павла (1806), братские корпуса; перестроена древняя Троицкая церковь (1807-1808)

.

В XIX веке монастырь продолжает благоустраиваться. В 1900 году старанием иеромонаха Алипия в монастыре устраивается детский приют для сирот и детей бедного окрестного населения и церковно-приходская школа. При монастыре имелась большая библиотека.

В 1922 году обитель была закрыта, а ее храмы и постройки переданы под хозяйственные нужды. На территории монастыря попеременно размещались детский дом для беспризорников, общежитие, турбаза. В годы войны Стефановская и Троицкая церкви были разобраны на кирпичи для строительства аэродрома.

В 1993 году в разрушенном корпусе, примыкавшем к храму апостолов Петра и Павла, поселились первые насельницы со старшей сестрой монахиней Елисаветой, ставшей вскоре их настоятельницей. Махрищский монастырь, основанный вновь как скит Александровского Успенского женского монастыря, в 1995 году стал самостоятельным монастырем.

Восстановлен храм во имя Пресвятой Троицы, заново построен храм в честь преподобного Стефана Махрищского. В 2004 году монастырь обрел статус ставропигиального.