Разница очевидна, когда много комментариев. Хочешь ответить кому-то, а он уже уполз наверх, затерялся в куче других комментов. Остается "обратиться по имени". Так делают и остальные. В результате лента комментариев превращается в настоящую кашу. Ведь у разговора могут быть различные ньюансы, даже не обязательно офф-топ. С одним одну тему развиваешь, с другим другую. Удобно.
А вообще в настройках есть выбор, можно дерево и не ставить