мда, неплохо, но есть два существенных, портящих всё, минуса:
1. Освещение атома в центре - создаётся впечатление, что ядро острое.
2. Траектории атом - они не уходят за ядро, а выходят радиально из центра.
з.ы. щас лень читать, да и не дома я, чтобы разбираться как ты это создавал. исправь алгоритм, иль я потом сам как время будет исправлю...