Бердичевский кляштор (монастырь-крепость) ордена Босых Кармелитов в 1627 году основал воевода и генеральный староста киевского края Януш Тишкевич в обет за освобождение из татарского плена. Под кляштор и в основу монастырского хозяйства Тишкевич передал в 1630 году свой Бердичевский замок-имение с несколькими ближайшими селами и уделил другие поместные и денежные фундации.

В 1634 году Бердичевские кармелиты заложили "дольный" (подземный) Мариинский костел, построили торговые склепы, магазины и другие хозяйственные здания, удлинили стены крепости. Строительство длилось восемь лет. Торжественное открытие монастыря и освящения нижнего костела состоялось 22 июля 1642 г. На этом торжестве основатель принес жертвенный дар для нового костела - икону Пресвятой Девы Марии, издавна известную в семье Тишкевичив своей благодатью. (по информации, распространяемой в советские времена, чтобы увеличить прибыльность костела, кармелиты силой отобрали у православной Михайловской церкви икону Божьей Матери, известную как чудотворную, и перенесли ее в костел).

Вскоре кляштор приобретает значение большого экономического центра и классового фактора для целого края. В связи с этим растет г. Бердичев, наводняется ремесленниками и торговцами, в Бердичев тянутся лавы паломников.





Польская королевская власть считается с колонизационной ролью и весом кляштора и придает ему большое значения, как передовому форпосту польской государственности в Украине. Государство помогает усилить и военную мощь кляштора: ремонтирует крепость и укрепляет кляштор пушками и постоянным гарнизоном.
Как большая единица экономического и идеологического влияния, кляштор втягивается в круговорот классовых противоречий и социальных движений XVII века. Еще в сороковых годах XVII века между кармелитами и владельцами г. Бердичева - патронами кляштора (Тишкевичами) началась длительная ожесточенная борьба за экономические позиции и гегемонию.

Борьба кармелитов с православием, насильственное распространение унии, экономическая и правовая эксплуатация населения превратили кляштор в объект социальной ненависти всего местного населения. Поэтому, когда, вследствие сложных социальных противоречий, взорвалась на Украине "казацкая" революция в 1648 году - кляштор почти полностью разрушили повстанцы. Крепость босых кармелитов, вместе с военными силами воеводы Тишкевича, пробовала оказывать сопротивление казакам, но в бою под Махновкой польские силы были разбиты, а кляштор и имения Тишкевичей взяты отрядами Хмельницкого, направляющимися в Зборов.

Кармелиты, убегая из Бердичева, вывезли во Львов образ Матери Божьей. На протяжении 73 лет икона находилась в монастыре сестер кармелиток босых, вплоть до 1721 года. В 1663 г. монахи вернулись в Бердичев. Когда они отстроили уничтоженный монастырь, в 1684 г. они были изгнаны силой наследниками Януша Тишкевича. И только декретом в 1717 г. Люблинского Трибунала было приказано владельцам Бердичева отдать монахам отобранную собственность и возместить нанесенный ущерб. В тот же период кармелиты опять отстроили монастырь и вернули в Бердичев икону Матери Божьей.

После смерти последнего кармелита - отца Терезия Болеслава Штобрина - коммунистическая власть забрала монастырь в государственную собственность. В верхнем костеле был создан музей, а в нижнем - атеистический кинотеатр. В 1941г., непосредственно перед немецким нашествием на Советский Союз, в монастыре возник пожар. Скорее всего, в его пламени погибла чудотворная икона.

На протяжении 1970-1980 гг. административная власть Бердичева под надзором реставраторов памятников архитектуры из Киева обеспечила сохранность костела с помощью восстановления сводов, установления новой кровли из оцинкованного железа на храме и его куполе. Были отстроены сожженные кельи, в которых размещались средние школы - музыкальная и художественная, которые до сих пор занимают и используют монастырские помещения в педагогических и учебных целях.

В 1991 году государственные органы Житомира и Бердичева передали верхний и нижний костелы монастыря католической общине.