Указом Александра II от 11 июня 1858 года был введён чёрно-жёлто-белый "гербовый" флаг. Указ утверждён Сенатом года по докладу министра императорского двора графа В.Адлерберга. Разработчиком флага явился вероятно Б.Кене. Объяснение выбора такого флага содержится в тексте указа (Полное собрание законов Российской Империи, т.XXXIII, №33289):

"Описание Высочайше утверждённого рисунка расположения гербовых цветов Империи на знамёнах, флагах и других предметах, употребляемых для украшения при торжественных случаях. Расположение сих цветов горизонтальное, верхняя полоса чёрная, средняя жёлтая (или золотая), а нижняя белая (или серебряная). Первые полосы соответствуют чёрному государственному орлу в жёлтом или золотом поле и кокарда из сих двух цветов была основана Императором Павлом I , между тем как знамёна и другие украшения из сих цветов употреблялись уже во время Императрицы Анны Иоанновны. Нижняя полоса белая или серебряная соответствует кокарде Петра Великого и Императрицы Екатерины II; Император же Александр II, после взятия Парижа в 1814 году, соединил правильную гербовую кокарду с древнею Петра Великого, которая соответствует белому или серебряному всаднику (Св. Георгию) в Московском гербе".

Чёрно-жёлто-белое знамя основано на русской геральдической традиции. Его чёрный цвет - от двуглавого орла, жёлтый - от золотого поля герба, а белый - цвет св. Георгия. Также его цвета символизировали землю-золото-серебро.

Бело-сине-красный флаг всё это время оставался коммерческим флагом.

На протяжении второй половины 19 века среди историков велись споры какой же флаг считать национальным: бело-сине-красный или чёрно-жёлто-белый. Во второй половине 19 века вся революционно-демократическая и просто прозападная российская интеллигенция стала испытывать к коммерческому флагу самые пылкие чувства, а русофилы напротив к чёрно-жёлто-белому флагу. Русские историки убедительно показывали, что у бело-сине-красной расцветки на русской почве корней нет. По меткому определению видного геральдиста начала 20 века Белинского, усилия выдать бело-сине-красные цвета за исконно русские "составляют совершенно бесплодную работу". Но доводы профессионалов не воспринимались, да и восприниматься не могли.