Первые проявления искусства, которое сегодня считается важной частью восточной культуры, насчитывает более 2000 лет. Хотя официально возраст бонсай как отдельного течения составляет примерно 1300 лет. Существует множество легенд и теорий относительно момента его зарождения. По одной из них, первым поклонником данного направления в искусстве был китайский император из династии Хан (200 гг. до н.э.). Однажды у властелина возникло желание больше узнать о своей империи. Естественно исколесить всю Поднебесную император не мог, поэтому во все провинции Китая с целью изучения характеристик местности и последующего их изображения в миниатюре были отправлены группы из нескольких десятков образованных людей. Так была создана миниатюрная империя, которая изображала реки, горы, деревья, дома, скот и даже людей в значительно уменьшенном масштабе. Для будущего макета владыка велел возвести широкую площадку из мрамора, очертания которой должны быть идентичными очертаниям карты страны. Все было исполнено в точности так, как пожелал император – привезенные китайские пейзажи были установлены у дворца. Тогда и было положено начало искусства изображения миниатюрных ландшафтов, которое прошло нелегкий и долгий путь, постоянно трансформируясь и совершенствуясь.

В период средневековья вместе с буддистскими учениями и другими культурными богатствами континента искусство создания бонсай распространилась на территории Японии, где изначально укоренилась среди представителей высшего общества, в частности аристократов, высокопоставленных самураев и буддийского духовенства, а позже, в начале XVIII века, и на всенародном уровне.