Цветы отличаются богатым разнообразием окраски. Наиболее характерными для вышивки являются сочетания цветов: фиолетовый с желтым, фиолетовый с сиреневым, желтый с бордовым и оранжевым. Эти цвета могут иметь холодные и теплые оттенки. Чаще всего в одном узоре анютины глазки вышивают разными по цвету.
Для выполнения лепестков цветка надо подобрать нитки 3—4 тонов, например, для фиолетового цветка — сиреневые нитки (тон 1), темно-сиреневые (тон 2), фиолетовые (тон 3), светло-желтые и ярко-желтые; для желтых цветков — светло-желтые, желтые, оранжевые и бордовые.
Серединку цветка можно вышить красными, оранжевыми, салатовыми или черными нитками.
Для листьев надо подобрать нитки 3—4 тонов насыщенного зеленого цвета, а также бежевые нитки.
В отличие от других цветов, в вышивке анютиных глазок наблюдается резкий переход от одного цвета к другому, например желтый цвет переходит сразу в фиолетовый.