Вопрос об исторической принадлежности региона является предметом острых споров между армянскими и азербайджанскими историками. Первые со ссылками на античные источники доказывают, что исторически Карабах входил в состав Армянского царства, в то время как вторые утверждают, что он был частью Кавказской Албании и является прародиной азербайджанцев.

Позднее Карабах попал под власть Сефевидов. После этого территория равнинного Карабаха была исламизирована, но в нагорной части региона преобладало армянское население. В середине XVIII века возникло Карабахское ханство — протекторат Персии. Жёсткое давление тюркских элит вынудило армянское население покинуть родные края. В результате к началу XIX века большую часть жителей ханства составляли уже тюркские народы.

В начале XIX века ханство перешло под протекцию России, а в 1926 году было окончательно включено в её состав. После этого в Карабах устремились миграционные потоки армян из исламских Ирана и Османской империи (и аналогичные потоки тюрок в обратном направлении), благодаря чему в конце XIX века их численность в регионе превысила 40%.

Накопившиеся к началу XX века национальные, религиозные и классовые противоречия вылились в кровавую резню, охватившую не только Карабах, но и крупные города Закавказья одновременно с началом революции 1905 года. Успокоить конфликт удалось только после подавления революции, но спокойствие было недолгим.

В 1918 году после Октябрьской революции от России одна за другой начали отпадать национальные окраины. Армения и Азербайджан провозгласили независимость и сразу же начали активно выяснять отношения друг с другом. Конфликт из-за спорных территорий перерос в очередную кровавую резню и завершился победой Азербайджана, который воспользовался имевшимся козырем — поддержкой Османской империи. Та сформировала азербайджано-турецкую исламскую армию и вторглась на Кавказ, силой заняв спорные территории. Нагорный Карабах заявил о своей независимости в надежде на объединение с остальной частью Армении, однако вскоре его крупнейшие населённые пункты были заняты исламской армией, хотя в регионе сохранилось сильное повстанческое движение.

Но уже через несколько месяцев всё полностью переменилось. Германия и Османская империя капитулировали в Первой мировой, турки ушли с Кавказа, взамен туда прибыли англичане. Осознавая непрочность своего положения и не имея желания вникать в сложнейшие хитросплетения местной истории, они решили оставить всё как есть и отложили окончательное решение вопроса о территориальном размежевании до Парижской мирной конференции. Карабах де-юре остался частью Азербайджанской Демократической Республики.

Это решение привело к возобновлению кровавой межнациональной вражды в спорных регионах. Попытки мирного урегулирования ситуации, предпринятые членами Антанты, не принесли никаких результатов.

К 1920 году большевики наконец разобрались с внутренними противниками — и их внимание переключилось на отпавшие окраины. При непосредственном участии местных коммунистов были советизированы и Армения, и Азербайджан, что привело к пусть и шаткому, но миру в регионе. Теперь решать сложнейший вопрос урегулирования территориальных споров в регионе предстояло большевикам.

И армянские, и азербайджанские лидеры сразу же попытались решить вопрос в свою пользу при помощи Москвы. И те и другие заваливали ЦК письмами с требованиями передать именно им спорные территории, в противном случае угрожая тем, что население республик воспримет отказ как предательство и отвернётся от новой власти.

Самые горячие споры разгорелись вокруг трёх регионов: Карабаха, Зангезура и Нахичевани. Все три имели смешанное армяно-азербайджанское население в разных пропорциях. До революции Нахичеванский уезд входил в состав Эриванской губернии, большинство которой составляли армяне. Однако непосредственно в этом уезде азербайджанцев проживало вдвое больше. В Зангезурском уезде до революции число проживавших армян и азербайджанцев было примерно равным. В Карабахе существовало разделение: в Равнинном Карабахе жили преимущественно азербайджанцы, а Нагорный почти целиком был населён армянами.

Для урегулирования спорных вопросов было создано специальное Кавбюро ЦК, которое возглавили Орджоникидзе и Киров. Кавбюро предложило компромиссный вариант: Нахичевань переходит к Армении, а Зангезур и Карабах — к Азербайджану. Но тут в спор вмешалась новая сторона.

Турецкий лидер Мустафа Кемаль предложил Ленину заключить договор о дружбе. Ленин воспринял это как шанс на прорыв дипломатической блокады и охотно согласился на не самый выгодный договор. Согласно его условиям, часть бывших российских территорий переходила Турции, кроме того, Нахичевань на правах автономии присоединялась к Азербайджану. Взамен турки давали добро на существование Советского Азербайджана.

После вмешательства Турции вопрос с Нахичеванью был урегулирован и главным камнем преткновения стал Карабах. Из восьми членов Кавбюро трое однозначно выступали за его передачу Армении, а трое других — Азербайджану. Всё зависело от позиции непосредственных руководителей — Орджоникидзе и Кирова, которые колебались в этом вопросе.

4 июля 1921 года состоялось заседание Кавбюро, посвящённое окончательному решению карабахского вопроса. По результатам голосования большинство решило передать его Армении, в поддержку этого решения выступили оба руководителя бюро. Однако глава Азербайджана Нариманов настоял на том, чтобы окончательное решение осталось за ЦК. После голосования состоялись консультации Орджоникидзе и Кирова со Сталиным, который в то время курировал национальную политику. Неизвестно, о чём именно шёл разговор и какие аргументы выдвигались (вероятно, это были какие-то стратегические соображения, связанные с Турцией), но руководители Кавбюро неожиданно передумали за одну ночь. На следующий день состоялось новое голосование, на котором они высказались в пользу передачи Карабаха Азербайджану с условием создания в Нагорной части региона армянской автономии. Что касается третьего спорного региона, то Зангезур передали Армении в качестве компенсации за утрату остальных спорных территорий.

Решение большевиков, принятое как максимально компромиссное, на деле стало лишь прологом к новым конфликтам. Азербайджанские коммунисты хотели Карабах, но без армян и уж тем более без навязанной в качестве компромисса автономии. Армяне же не желали мириться с решением о передаче этнически однородного региона другой республике. После территориального размежевания установился хрупкий мир, скорее похожий на холодную войну. Руководство Армянской ССР каждые несколько лет пыталось пролоббировать через союзную столицу вопрос о передаче ей карабахской автономии. После окончания Второй мировой ему едва не удалось это сделать. Политбюро поручило Маленкову проконсультироваться с главой Азербайджанской ССР Багировым по этому вопросу. Багиров ответил, что уступит Нагорный Карабах, если взамен Азербайджану передадут территории Дагестана и Грузии, где компактно проживало азербайджанское меньшинство. Устраивать масштабное перекраивание карты тогда не стали.

В ответ на попытки руководства Армянской Республики вернуть контроль над автономией азербайджанские власти начали стимулировать переселение азербайджанцев в спорный регион. За время существования советской власти национальный баланс в регионе существенно изменился. Если на момент создания автономии Нагорного Карабаха армяне составляли там 90% населения, то к моменту распада СССР уже 76%.

Кроме того, руководство азербайджанской компартии тщательно подбирало кадры для руководства автономией, стараясь выдвигать на эти должности бакинских армян, лояльных непосредственно Баку, а не уроженцев Карабаха или выходцев из Армянской ССР.

С началом перестройки в национальных республиках всё пришло в движение, а временное ослабление союзного центра возбудило старые обиды и тлевшие конфликты. Карабахские органы власти снова попытались добиться передачи региона Армении, заручившись поддержкой академика Сахарова — одного из самых влиятельных общественных деятелей того времени. Это очень не понравилось жившим в автономии азербайджанцам, которые за последние несколько десятилетий стали внушительным меньшинством. Уличные шествия и митинги соперников быстро переросли в драки, избиения, а затем и погромы. Насилие выплеснулось за пределы автономии, кровавые погромы прошли и в Армении, и в Азербайджане, из обеих республик в поисках спасения устремились сотни тысяч беженцев "нетитульных" национальностей.

Через несколько дней после распада СССР между самопровозглашённой Республикой Арцах (Карабах), поддержку которой оказывала Армения, и Азербайджаном началась полномасштабная война. Она продлилась два года и четыре месяца и, по примерным подсчётам, унесла жизни 20–25 тысяч человек. По итогам войны Арцах\Карабах де-факто остался независимой, хоть и непризнанной даже самой Арменией республикой. Азербайджанской армии не удалось установить контроль над регионом.

В 1994 году при посредничестве России конфликт был заморожен, но не решён. Активные боевые действия прекратились, но периодически на линии соприкосновения случаются столкновения. В 2016 году произошло самое масштабное со времён войны обострение, бои продолжались на протяжении четырёх дней.

Ситуация вокруг Карабаха превратилась в "вечный" конфликт, не имеющий устраивающего всех решения. И армяне, и азербайджанцы исторически связаны с Карабахом, но ужиться вместе, как показало время, у них не получилось. Однако решение в пользу одних непременно приведёт к недовольству других. Найти компромисс не удалось даже сто лет назад — при более благоприятных для этого условиях. А сейчас, после стольких войн и конфликтов, это представляется почти невозможным. Все переговоры по карабахскому вопросу, начинавшиеся за последние 20 с лишним лет, неизменно заходили в тупик.