Куда обычно девается место:

1. Корзина — файлы с диска не удаляются, а лишь помечаются удалёнными (пока корзину не почистишь)
2. Временные папки "C:/Temp" и "%temp%" (без кавычек) — можно чистить полностью, что не удаляется — пропускать.
3. "Рабочий стол" и "Мои документы" — именно здесь у многих обнаруживаются большие "на время скопированные" и не удалённые вовремя фильмы, музыка и проч.
4. Системная папка c:\windows\winsxs — здесь немного сложнее и, если она занимает на диске 10-15 GB, то заморачиваться не стоит, а вот если больше — то http://habrahabr.ru/post/72427/
5. Если системе катастрофически не хватает жесткого диска, то можно переместить pagefile на другой диск, отказаться от hyberfil.sys и pagefile.sys (в случае достаточного количества оперативной памяти)
6. Иногда бывает так, что Windows'у изначально выделили слишком мало места для диска С: В этом случае может помочь расширение раздела за счёт соседних — Acronis с этой задачей справляется (лучше сделать backup перед операцией расширения)