Фамилия Пеннер была образована от нем. Penner (в настоящее время наиболее часто встречается на земле Северный Рейн-Вестфалия в Германии), которая поясняется просторечным или разговорным диалектом по значению синонимичных выражений русской словесности "бродяга" и/или "человек без определённого места жительства" (бомж, бездомный), а возможно и "неприятный"; в розничной торговле слово может использоваться в качестве определения "плохого" или "неходового, залежалого товара" и "испорченного запаса продуктов". Предполагается, что фамилия Пеннер ведет свое начало от немецкого глагола pennen, который переводится на русский язык словом "спать" или "ночевать".

В диалекте нижненемецкого языка среднего уровня слово "penner" определяется значением "владелец соляной посуды" и применялось к изготовителю или продавцу сковород. В некоторых случаях фамилия могла быть образована от переходной формы нижне- и верхненемецкого с различным начертанием букв в чередовании Б и/или П (нем. B/P) -- Беннер (нем. Benner / ит. bene -- хорошо).

Не исключено, что фамилия Пеннер могла быть образована и от англ. «pinner», которое поясняется несколькими значениями слов, -- как чепчик, передник, пользователь булавок и различных зажимов для волос и одежды, -- полагая использование профессионального прозвища Пиннер с возможным диалектическим произношением в качестве портного или швеи, а также некого любителя носить чепчики и передники.

Также толкуется, что фамилия Пеннер имеет норвежские корни и связана со словом penn, в соответствии русскому значению -- "перо", однако этот вариант этимологических пояснений фамилии для некоторых филологов и лингвистов представляется малоправдоподобным, хотя человек с таким прозвищем вполне мог бы быть связанным с заготовителями пера и пуха для подушек и перин, как и их изготовление из этого материала. В португальском говоре, -- pena -- также означает "пух и перья".

В то же время и как наиболее часто в таких случаях, фамилия Пеннер вполне могла быть образована от места происхождения семьи -- выходцев из селения Пенна (нем. Penna), -- с использованием суффикса "-er" (применяемого для словообразования в определении именно профессий), которая была расположена к северу от города Рохлиц (нем. Stadt Rochlitz) в Саксонии (нем. Bundesland Sachsen): древнее географическое наименование поселения "Пенна" (нем. Penna) в 1350 году уже известно как "Пенен" (нем. Penen), а в 1445-м -- как "Пенин" (нем. Penyn), в 1548-м -- "Пенне" (нем. Penne) и в XVI веке -- "Пенне, Пенна, Бенна" (нем. Penne, Penna, Benna), что исторически засвидетельствовано в письменных источниках региона. Вполне возможно, что наименование места в западнославянском сорбском диалекте (на котором говорили лужичане или лужицкие сербы, племена сербов, сорбы, венеды, полабские славяне проживающие на землях Саксонии и Брадебурга -- серболужицкого языкового ареала между реками Эльбой и Зале) "pena" имело такое же значение, как и в русской словесности "пена", что можно было бы пояснить расположение селения «Пенна» в районе пенистой (бурной) реки (воды) и относиться к левому берегу Малде / Мульде (нем. Mulde) или к некому рукаву быстрой речушки или ручью, протекающему непосредственно по территории или вблизи поселения (деревни). Некоторые представители фамилии утверждают, что раньше их фамилия произносилась и писалась именно как Пенна, но в процессе выдачи паспортов, она была записана чиновниками на привычных и известный им манер -- Пеннер. Кроме того, на тех древних славянских территориях было множество диалектов и говоров не только и не столько тирольского, кельтского, англосаксонского или гальского и франкского языков.

Как видно из вышеизложенного, толковать о точном происхождении фамилии очень сложно и в некоторых случаях необходимо прибегать не только к архивным источникам, но и современным методам исследования фамилий и семьи с использованием сравнительного анализа тестов ДНК каждого человека.