Слова ХМУРЫЙ, ХМЫРЬ, ХМАРА, ПАСМУРНЫЙ, СМУРНОЙ – однокоренные.
Чередование гласных У/Ы – это то, что я могу легко объяснить. Но откуда гласный А? Такое невозможно в принципе. Непонятно, и чередование согласных: СМУРНОЙ/ХМУРЫЙ.
У праславян было такое жёсткое правило, которое не знало исключений: ЭС перед ЭМ в начале слова отпадало!
Оно записывается так: sm- > hm- > m-. Если мы в современном русском языке видим слова типа СМЕХ или СМЕТАНА, то это означает только одно: звуки [s] и [m] сошлись вместе в начале слова уже после того, как то древнее правило перестало действовать. А до этого оба эти звука не могли быть вместе в начале слова ни при каких обстоятельствах.
Здесь же мы видим СМУРНОЙ и ХМУРЫЙ.
Допустить, что это было какое-то исключение из правил – на это у меня не хватает воображения.
Но должно же быть какое-то объяснение!
Думаю, что корень мы получили откуда-то со стороны, но в глубокой, ДОславянской древности.
Я попытаюсь понять этот случай и объяснить, но не уверен, что у меня это получится. Разумеется, не может быть и речи о ПРОТОславянском происхождении этого корня.

http://latinisttt.livejournal.com/262524.html