Начну с того, что исторически корень здесь такой: КОЛДОВ-. А в слове КОЛДУН мы наблюдаем обычное чередование -ОВ/-У. Напомню, что в древности у праславян был дифтонг ou (или ow, если угодно – это совершенно одно и то же). Так вот, этот дифтонг всегда превращался в наше современное У, если после него следовал согласный звук или он был в конце слова (ou > u), но, если после него следовал гласный, то дифтонг разрывался на две части: oua > owa и переставал быть дифтонгом. Примеров в современном русском языке – масса (тысячи!), например, снУёт – снОВать.
Вот то же самое было и в словах КОЛДОВАТЬ, КОЛДУН.
Оба эти слова у меня уже были в словаре, помещаясь в одной статье. Но там у меня закралась одна неточность, которую я вчера и ликвидировал.
Первоначальное значение было таким: КОЛДОВАТЬ – это означает совершать такое ритуальное действие, которое вызывает у нас сомнение, хорошо это или плохо. КОЛДУН – это жрец, выполняющий сомнительные ритуалы.
На самом деле все эти сложные мысли, которые я так долго расписываю, выражались очень простыми способами:
– kol – торжественный ритуал; dow – раздвоенность, сомнение – это КОЛДОВАТЬ;
– а слово КОЛДУН образовалось из таких трёх элементов: kol – торжественный ритуал; dow – раздвоенность, сомнение, wen – жрец.
Русские слова ЧАРЫ и ВОЛШЕБСТВО таят в себе уже не сомнение, а отрицательное отношение к этому явлению.
Слово КУДЕСНИК – тот, кто умеет делать настойку из десяти трав (этимология Андреева, не моя), – тут уже ничего осуждающего не заметно.
Названия многих русских рек содержат в себе идею сомнения и объясняются примерно так: река, на которой мы сомневались (с разными вариантами). Например, река НЕПРЯДВА – это река, на которой мы перестали сомневаться после «правильного» ритуала. Видимо, все эти названия мне придётся пересмотреть и добавить в каждую статью упоминание о том, что сомнения эти могли относиться к ритуалу, который на них проводился и который, видимо, считался колдовским или просто неправильным. Напомню моим читателям, что почти все русские реки и озёра называются примерно так: там, где мы проводили такой-то ритуал по случаю таких-то событий. Названия рек типа Глубокая, Мелкая, Лесная, Быстрая, Песчаная, Рыбная, Широкая, Узкая – были в те времена невозможны в принципе. Река или озеро – это были божества, а разве можно назвать бога такими именами: Высокий Бог, Низкий Бог, Толстый Бог, Рыжий Бог и т.д.? Такие названия появились уже в наше время, и я ими не занимаюсь.

http://latinisttt.livejournal.com/260996.html