Магическая палочка или магическая стерка не очень хороши когда переход цветов плавный, они вытирают и цвета приближенные к данному цвету что не всегда хорошо, поэтому границы получаются ступенчатыми.
Когда делаешь выделение или замену только одного цвета, тогда гарантированно выделяется/удаляется только этот цвет.
Пройдя так по 10-15 цветам (в зависимости от количества оставшихся лишних точек), можно добиться что пограницные/переходные серые точки не удаляться и цветопереход будет более плавным. Я вот кликнул цветов на 15-20 для выделения. Хотя тоже граница резковата, можно было оставить больше пограничных серых точек.