La terapia è sia sintomatica (volta ad alleviare i sintomi) sia indirizzata alla causa scatenante che varia da caso a caso. A prescindere dai farmaci che solo il veterinario può prescrivere, irimedi naturali che si possono attuare sono degli impacchi, effettuati impiegando un tessuto morbido o del cotone inumidito in acqua calda, camomilla o calendula che può pulire l'occhio del gatto (senza sfregare), anche più volte al giorno se necessario, e la rimozione del materiale estraneo. Gli impacchi o i batuffoli di cotone non possono essere riutilizzati per entrambi gli occhi, ogni batuffolo dev'essere monouso.

È possibile tentare anche con i farmaci omeopatici come il collirio a base di Euphrasia officinalis(per la congiuntivite acuta con lacrimazione), Apis mellifica (per le secrezioni mucose) oMercurius solubilis (per le secrezioni mucose-purulente abbondanti).

La congiuntivite, come tutte le malattie causate da virus o batteri, è contagiosa all'interno della stessa specie, dunque due gatti che vivono nella stessa casa possono facilmente trasmettersela l'uno con l'altro. Ma è facilmente trasmissibile anche ad un cane, seppure in forma più lieve. La congiuntivite felina difficilmente si trasmette all'uomo. Più che altro sono trasmissibili alcune malattie associate alla congiuntivite, come la clamidiosi, che provocano una forma di congiuntivite più leggera nell'uomo. La trasmissione si può evitare lavandosi la mani ogni volta che si viene in contatto con la zona infetta.