John Carmack now has a Twitter account. It’s pretty interesting, in that he’s writing a ray tracer in OpenCL and relearning or rederiving various bits of knowledge that are not really written down anywhere. The guy’s unnervingly productive: “Goal for today: implement photon maps and contrast with my current megatexture radiosity gathering.”

Speaking of Twitter, Morgan McGuire’s page is the other twitter feed I would recommend, as he simply offers up worthwhile links on computer graphics and on game design. His Twitter feed mentioned a number of new resources: a new demo (with complete source) of ambient occlusion volumes at NVIDIA, and a demo of sample distribution shadow maps (optimized z partitions for cascading maps) at Intel. He also points out some entertaining visual bits.

The Assembly 2010 demoparty is over and this year again, the demogroup ASD has released an OpenGL demo.

You can download it here: Happiness is Around the Bend @ pout.net

More

http://www.gamersyde.com/news_alice_artworks_and_images-9662_en.html

Вечная проблема, с которой сталкивается кинематограф Александра Сокурова, заключается в следующем: зритель считывает с экрана не то, что имел в виду режиссер. У нашего зрителя нет кода считывания, у нашей визуальной культуры — оптики, то есть социально-психологического навыка. Ведь каждый фильм Сокурова — антропологический дневник, прихотливая индивидуальная жестикуляция, акт автопсихоанализа. Сокуров убежден, что внимательный к себе человек с полным правом может подменить собою Мир: «все во мне, и я во всем». Он дотошно «записывает» на пленку свои настроения и симптомы, откровенно пренебрегая риторическими фигурами и системной речью.

В Круге втором автор вновь предлагает спонтанный монолог, акцентирующий отличия: «меня» от «всех остальных», моего сегодняшнего ощущения от вчерашнего. Зритель же по привычке ищет общности, стремится, как положено, совпасть с героем, с его ситуацией. Казалось бы, чего проще: герой этот навсегда потерял близкого человека, отца. Слишком человеческая история, с которой вроде бы нетрудно эмоционально совпасть. «Нет, не общее, а мое», — не соглашается Сокуров, нарушая все зрительские ожидания. Повествуя о смерти, игнорирует все экранные клише, которыми принято обозначать эмоциональное потрясение. Предъявляет смерть как нечто новое, как то, что еще не имеет названия. Как «смерть в первый раз».

Режиссер не дает состояться большому человеческому Горю (вспомните, как умеют «делать Горе» в традиционном повествовательном кино), потому что Горе — в целом понятно, и зритель без труда, даже с некоторой мазохистской готовностью желает эту сильную эмоцию разделить. Не позволяя эмоции развернуться, Сокуров сохраняет дистанцию, сохраняет ту самую «разницу», которой, похоже, дорожит более всего.

Круг второй — это непримиримая борьба режиссера со зрителем, с интерпретаторами, частная полемика с некрореалистами 1980-х гг. (у которых труп непременно оживал), а также — и далеко не в последнюю очередь — спор со своим любимым сценаристом Юрием Арабовым. Арабов, ценитель черного юмора, Марксов и Цукеров, писал полотно злое, смешное и социальное. «Свидетельство о смерти? Я быстро оформляю. Потому что помню: Ильич завещал нам бороться с бюрократизмом». — «К-какой Иль-ич?» — «Давайте поставим ему диагноз «рак», canсer». Или: «А белые гробы у вас есть?» — «Белые для невест. На десять рублей дороже. Будете брать?» — «Нет, на десять дороже — нет». Наконец: «Одевай тапки, говорю!» — «А может, ботинки?» — «Он где у вас лежит? В постели, или на прогулку пошел?» Поддаться на «провокации» Арабова значило бы подключить зрителя посредством чувства — сарказма или тоски. Сокуров отказывается от предложенной Арабовым поэтики, считая ее очередной «игрой в поддавки» со зрителем и его стереотипами. Его исполнители не доносят реплики, проборматывают их, словно бессмысленную считалку. Вначале зритель недоумевает, но потом вынужден догадаться: подлинный сюжет такого рода развивается где-то за пределами Горя, к нему невозможно подключиться постороннему. Всякая смерть, настаивает Сокуров, уникальна и запрещена для чужого взгляда. Вот почему зрителю предлагается реконструкция смерти в режиме хроники.

Хроника невозмутимо регистрирует внешнее ритуальное поведение родственника и «чужих»: чиновницы, рабочих, врачей. Бытовое измерение поверяется мифологическим. Картина двоится: с одной стороны, фотографические слепки с реальности; с другой — символы, архетипы: Сын хоронит Отца. Сокуров не расставляет акценты, не настаивает на том или ином измерении. Он не предпринимает никаких усилий для закрепления «значительного» мифопоэтического содержания, оставляя зрителя наедине с едва мерцающей образной системой бедного, скудного мира. Ингмар Бергман, почитаемый Сокуровым, ставил метафизические вопросы, неизменно опираясь на актерскую индивидуальность, на сильную человеческую натуру. Напротив, Сокуров предпочитает «ничтожную» психофизику неуместных, исчезающих натурщиков, подобных Петру Александрову из Круга…. Таким образом он манифестирует победу над актерским притворством. Зритель, конечно, вправе интерпретировать эту «достоверность существования» как недостаточную режиссуру, но даже если так — сомнения все же не оставляют: может, режиссер поработал столь хорошо, что я перестал замечать его работу? Сокуров раскачивает качели, зрителя мотает между полюсами доверия и недоверия. Вот причина неотразимого обаяния его кино.

Две трети фильма герой проводит в убогой комнате, наедине с телом отца, рабочими или женщиной, представляющей фирму ритуальных услуг. Это всего-навсего комната советской хрущевки, но, как всякая Комната, несет отметины индивидуальности и тайных помыслов своего хозяина.

Первый попавшийся «Словарь символов» готов уточнить все остальное: «Комната символизирует возможность понимания, выхода вовне и за пределы, а также является иллюстрацией любой идеи коммуникации. В силу этого закрытая комната, не имеющая окон, может быть, согласно Фрэзеру, символом девственности и других форм некоммуникативности. Многие обряды, включающие образ огражденного места, совершаются для того, чтобы отметить достижение половой зрелости». В этой системе координат Отец обозначает силу традиции, мир моральных предписаний и запретов, противостоящих силе инстинктов и опасности ниспровержения порядка. Недаром среди вещей Отца — портсигар с изображением памятника Воину-освободителю и грозное оружие — кастет.

Сын — девственник, слабак, замерший на пороге инициации. Теперь, после символической Смерти Отца, он должен стать сильным, занять отцовское место. Но Сын — в ужасе. Ужас усугубляет Страшная Баба, жрица ритуальных услуг, то ли символическая Мать, то ли потенциальная Любовница. Скорее всего, образ Женщины-хабалки — продукт воображения Юноши, воплощение его страха перед предстоящей инициацией. «Отец! На кого ты меня оставил?! Как мне укротить эту чертовку?!»

В 1990 г. убожество быта, антуража, гулкая пустота, в которой оказываются Отец и Сын, еще шокирует зрителя — официальный имидж советской жизни, желание соответствовать тому, что все было «как положено» и все происходило «как у людей», еще живы, еще присутствуют. Но в конце века именно так, как у Сокурова, и будет умирать «простой российский человек»: вне эмоций, вне сострадания.

Игорь МАНЦОВ


DVD5 на rutracker.org

More

2 марта 2009 года декларировал своё намерение стать единым кандидатом от оппозиции на выборах президента России 2012 года или на досрочных выборах. Теперь есть хоть за кого голосовать...

«Пол и характер. Принципиальное исследование» (1902)

В своей книге "Пол и характер" Вейнингер стремился обобщить значительный естественнонаучный, прежде всего биологический, психологический материал, особенно касающийся биологии пола, где Вейнингер предвосхитил некоторые выводы гормональной медицины и сексологии и привлек внимание к малоисследованным тогда промежуточным сексуальным формам.

Эта книга, до сих пор остающаяся культовой, высоко оценённая А. Стриндбергом, была написана с натурфилософских позиций и представляла из себя глобальное исследование «мужского» и «женского» начала. Первому присущи высокий уровень развития сознания, созидание и аскеза. Второе выступает носителем примитивной модели сознания, непродуктивности и чувственности. Носителями «женского» начала выступают, помимо женщин, также и мужчины — евреи и негры. В главе «О еврействе» Вейнингер противопоставил «женский» (т.е. безнравственный) иудаизм «мужскому» христианству, что позднее легло в основу антисемитской пропаганды среди австрийских юдофобов.

Эта работа повлияла в т.ч. и на Джойса.

http://lib.aldebaran.ru/author/veininger_otto/veininger_otto_pol_i_harakter/

http://newtimes.ru/articles/detail/3637/

Сотрудники института Крейга Вентера (J. Craig Venter Institute) сообщили об успешном создании первых микроорганизмов с искусственным геномом. Собранный из химически синтезированных фрагментов ДНК геном взял под контроль живые бактериальные клетки, в которые его внедрили, после чего все их свойства стали соответствовать содержащимся в нём «инструкциям». Это достижение, на которое было потрачено 40 млн долларов и 15 лет работы, позволяет надеяться, что не за горами создание микробов с нужными человеку свойствами, в том числе эффективных производителей вакцин, антибиотиков и дешевого топлива.

Крейг Вентер и его коллеги уже 15 лет упорно двигаются к великой цели — созданию искусственных микробов с заданными свойствами. В 1995 году они отсеквенировали геном бактерии Mycoplasma genitalium — обладателя самого маленького генома среди организмов, способных самостоятельно размножаться в лабораторной культуре (меньше геномы только у бактерий — внутриклеточных симбионтов и паразитов).

В ходе дальнейшей работы было показано, что из примерно 500 генов M. genitalium более сотни не являются жизненно необходимыми. Их можно по одиночке удалять или выводить из строя, и это не сказывается на жизнеспособности бактерии. Эти исследования позволили приблизительно очертить минимальный набор генов, необходимый для поддержания жизни и размножения бактерии в лабораторных условиях.

В дальнейшем команда Вентера отказалась от M. genitalium как основного объекта, потому что эта бактерия слишком медленно размножается. Ученые переключились на более быстро растущий вид — M. mycoides. Его геном был взят за основу при проектировании первых искусственных геномов, а на роль реципиента (бактерии, в которую будут внедрять синтетический геном) выбрали еще один вид микоплазм — M. capricolum.

В 2007 году исследователи добились замечательного успеха, о котором рассказано в заметке Первая в мире операция по пересадке генома позволила превратить один вид бактерий в другой («Элементы», 02.07.2007). Хромосому M. mycoides, тщательно очищенную от примесей, удалось пересадить в клетки M. capricolum. По-видимому, в бактериальных клетках сначала находились хромосомы обоих видов, но при делении некоторые из дочерних клеток унаследовали только донорскую хромосому. Эти клетки по всем своим свойствам соответствовали виду M. mycoides. Таким образом, удалось при помощи пересадки генома трансформировать один вид бактерий в другой.

Следующий важный рубеж был преодолен в 2008 году, когда команда сообщила об успешной сборке полного генома M. genitalium из химически синтезированных фрагментов (Gibson et al. Complete Chemical Synthesis, Assembly, and Cloning of a Mycoplasma genitalium Genome // Science. 2008. V. 319. P. 1215–1220). Молекулы ДНК длиной в несколько тысяч пар нуклеотидов (п.н.) сегодня изготавливаются на заказ биотехнологическими фирмами, такими как Blue Heron. Вы даете такой фирме последовательность нуклеотидов в виде текстового файла, платите деньги и получаете нужную молекулу хоть в чистом виде, хоть в виде плазмиды, вставленной в живую кишечную палочку. Но вот правильно собрать из таких фрагментов крупные молекулы длиной в сотни п.н., а тем более целый бактериальный геном — задача технически довольно сложная (размер генома M. genitalium — около 600 тысяч п.н., M. mycoides — миллион п.н.).

Вентер и его коллеги разработали эффективную, хотя и трудоемкую технологию такой сборки. Сначала заказываются нужные фрагменты ДНК с перекрывающимися 80-нуклеотидными концевыми участками. Затем десяток соседних фрагментов внедряют в дрожжевые клетки, где благодаря наличию перекрывающихся концов происходит их объединение в правильном порядке. Полученные более крупные фрагменты ДНК переносят в кишечную палочку, размножают, затем снова внедряют в дрожжи, где происходит их объединение в еще более крупные фрагменты, и так далее.

Авторам пришлось преодолеть немало технических трудностей, прежде чем они смогли изготовить синтетический геном M. genitalium, а затем и вдвое более крупный геном M. mycoides. Например, как отделить выделенные из дрожжей синтетические бактериальные хромосомы от ДНК самих дрожжей? Авторы использовали то обстоятельство, что бактериальные хромосомы кольцевые, а хромосомы дрожжей — линейные. Нужные молекулы «ловили» при помощи расплавленной агарозы, волокна которой при застывании проходят сквозь кольцевые молекулы ДНК и фиксируют их в агарозном геле, тогда как линейные молекулы ДНК дрожжей остаются незафиксированными, и их можно убрать из геля при помощи электрофореза.

В 2009 году был сделан следующий шаг: удалось наладить пересадку в клетки M. capricolum геномов M. mycoides, которые были модифицированы и размножены в клетках дрожжей (Lartigue et al. Creating Bacterial Strains from Genomes That Have Been Cloned and Engineered in Yeast // Science. 2009. V. 325. P. 1693–1696). На этом этапе необходимо было научиться преодолевать естественную защиту бактерий (в данном случае M. capricolum) от внедрения чужеродной ДНК. У M. capricolum есть система рестрикции-модификации, которая метилирует определенные последовательности нуклеотидов в своей собственной хромосоме и уничтожает схожие последовательности, если они не метилированы. Когда авторы в 2007 году пересадили геном M. mycoides в клетки M. capricolum, клетки-реципиенты восприняли донорскую ДНК как «свою», потому что системы рестрикции-модификации у двух видов сходны. В клетках M. mycoides ДНК метилируется примерно так же, как и у M. capricolum; метилирование сохраняется при пересадке, и поэтому защитная система не срабатывает. Однако бактериальные хромосомы, размноженные в дрожжах, не метилированы, и поэтому клетки M. capricolum считают их «чужими» и пытаются уничтожить. Чтобы справиться с этой проблемой, пришлось отключить у реципиентов систему рестрикции.

Теперь оставалось лишь совместить результаты, описанные в статьях 2008-го и 2009 года, то есть синтезировать искусственный геном M. mycoides и пересадить его из дрожжей в M. capricolum. Первая попытка закончилась неудачей. Хотя всё было сделано предельно аккуратно, искусственный геном не приживался в клетках-реципиентах. Это означало, что в синтезированную авторами генетическую «программу» на каком-то этапе сборки вкралась ошибка. Ее поиск задержал работу на три месяца. Исследователям пришлось тестировать фрагменты синтетического генома поодиночке, вставляя в клетки M. capricolum комбинированные хромосомы M. mycoides, содержащие по одному синтетическому фрагменту, тогда как остальная часть хромосомы была «натуральная», то есть происходила от живых бактерий M. mycoides. Наконец ошибку нашли: как выяснилось, дело было в том, что выпал один-единственный нуклеотид из жизненно важного гена dnaA. Этот ген необходим для репликации (размножения) ДНК. Потеря нуклеотида привела к сдвигу рамки считывания и превратила генетическую инструкцию в бессмыслицу.

В итоге все трудности остались позади, и 20 мая на сайте журнала Science появилось сенсационное сообщение о создании первых живых существ с синтетическим геномом. Как и в прошлых опытах по пересадке генома, клетки-реципиенты полностью перестроились, подчинившись инструкциям, записанным в их новой синтетической хромосоме. В них не осталось ничего от исходных бактерий M. capricolum: все белки и все свойства клеток стали соответствовать новому геному.

Можно ли называть этих бактерий «синтетическими», «искусственными» — вопрос скорее философский, чем биологический. Некоторые эксперты считают, что нельзя, потому что цитоплазма бактерии-реципиента, в которую был вставлен искусственный геном, не была синтетической. Вентер считает, что можно, потому что после пересадки цитоплазма полностью преобразовалась в соответствии с новым геномом. Ведь генетическое «программное обеспечение», в отличие от компьютерного, само создает себе всё необходимое «железо». Собственно, в прямом экспериментальном доказательстве этого принципа (в котором биологи и без того были уверены на основе более косвенных фактов) и состоит основное философское и мировоззренческое значение работ команды Вентера.

Бактерии с синтетическим геномом нормально живут и размножаются, причем даже немного быстрее, чем некоторые «натуральные» штаммы M. mycoides. Синтетический геном почти не отличается от естественного генома M. mycoides, если не считать нескольких удаленных генов и четырех специально добавленных фрагментов, которые авторы называют «водяными знаками». Эти фрагменты не кодируют белков и не влияют на работу генома. В них условным нуклеотидным кодом записаны имена и электронные адреса ведущих участников проекта. Вентер и его коллеги подчеркивают, что вставлять такие «водяные знаки» в синтетические геномы необходимо, чтобы потом можно было отличить искусственные геномы от естественных.

Из «синтетических микробов» выделили многострадальный геном и отсеквенировали его, чтобы понять, что же в итоге получилось. Было найдено несколько мутаций (нуклеотидных замен), возникших в ходе сборки, которые, по-видимому, не отразились на жизнеспособности бактерий. Один ген, не являющийся жизненно необходимым, был выведен из строя мобильным генетическим элементом (транспозоном), характерным для E. coli. Транспозон успел встроиться во фрагмент синтетического генома, когда тот подвергался клонированию в кишечной палочке. Еще один ген вышел из строя из-за случайно возникшей дупликации (удвоения) фрагмента ДНК длиной в 85 нуклеотидов. В общей сложности в синтетическом геноме удалено или испорчено 14 генов, имеющихся у «диких» M. mycoides.

Важность данной работы в том, что она показала принципиальную возможность целенаправленного проектирования микроорганизмов и техническую осуществимость всех этапов процесса. Для первого раза серьезных изменений в текст генома M. mycoides вносить не стали, но всё еще впереди. В принципе, теперь можно проектировать геном на компьютере, переводить его в формат ДНК и загружать генетическую программу в цитоплазму живой клетки. Выполнение начнется автоматически.

У методики, разработанной Вентером и его коллегами, пока много ограничений. После трансплантации генома в течение какого-то времени в бактериальной клетке присутствует смесь «старых» белков, закодированных в геноме клетки-реципиента, и «новых», закодированных в имплантированном геноме. Очевидно, эти белковые комплекты не должны конфликтовать друг с другом, чтобы клетка могла пережить переходный период. Что будет, если вставить в M. capricolum геном, сильнее отличающийся от ее собственного, чем геном близкого вида M. mycoides? Скорее всего, в недалеком будущем мы узнаем об этом из новых статей Вентера и его коллег.

Что касается опасений, высказываемых некоторыми экспертами относительно новых возможностей для биотерроризма, то об этом пока можно не беспокоиться. Разработанные авторами методы слишком сложны и дороги, чтобы представлять хоть какой-то интерес для злоумышленников. Создание первого «искусственного микроба», абсолютно ничем не примечательного, кроме самого факта своей искусственности, обошлось в 40 млн долларов и 15 лет работы высокопрофессионального коллектива из двух-трех десятков человек. Скорее уж террористы заинтересовались бы сравнительно дешевыми технологиями создания синтетических вирусов, известными с 2002 года (J. Cello, A. V. Paul, E. Wimmer. Chemical Synthesis of Poliovirus cDNA: Generation of Infectious Virus in the Absence of Natural Template // Science. 2002. V. 297. P. 1016–1018).

Более серьезные опасения вызывает намерение возглавляемой Вентером компании Synthetic Genomic, которая финансировала проект, запатентовать новооткрытые методики. Не станет ли Synthetic Genomic монополистом в производстве «софта» для искусственных микробов, подобно Майкрософту?

Источники:

1) Gibson et al. Creation of a Bacterial Cell Controlled by a Chemically Synthesized Genome // Science express. 20 may 2010. DOI: 10.1126/science.1190719.

2) Elizabeth Pennisi. Synthetic Genome Brings New Life to Bacterium // Science. 2010. V. 328. P. 958–959.

http://www.imdb.com/title/tt0066921/keywords