Два главных направления применения рун – собственно колдовство и мантика. Причем способы толкования одной и той же руны в магии и гадании могут достаточно сильно различаться, так как происходит взаимодействие символа с различными энергетическими слоями. Если внутри предсказательной ветви практически нет дальнейшего разделения функций, то магическая представлена несколькими радикально различающимися целевыми направленностями.

Руника широко используется в психологической магии с целью расширения сознания, создания неких магических установок. В этом случае затрагивается смысловой пласт раскрытия руны. Применяется также определенная практика восполнения недостающих для выполнения своего Пути (называемого в рунологии также Глобальной Задачей) черт личности при помощи так называемой рунической коррекции.

Очень важная и тонкая область действия, в которой руны проявляют особую мощь – изменение вероятностей, придание направления событиям будущего. Здесь основное воздействие осуществляется на энергетическом уровне.

Особая ветвь рунической магии – диагностика и целительство. В данной традиции эти колдовские направления принципиально отличаются от методов врачевания в других магических культурах, так как соответствие рун каналам связи между тонкими мирами макрокосма, о котором речь будет идти ниже, распространяется также и на микрокосм – человека и человеческий организм. Рунные методики используются целителями в работе с аурой и астральным телом пациента.