Оказывается, выражение тесно связано с историей нашего народа.

Многие помещики любили полакомиться свежими раками, а зимой их ловить очень трудно: раки прячутся под коряги, выкапывают норы в берегах озерка или реки и там зимуют.

На ловлю раков зимой посылали провинившихся крестьян, которые должны были доставать раков из ледяной воды.

Много времени проходило, прежде чем наловит крестьянин раков. Промерзнет в ветхой одежонке, застудит руки. И часто после этого человек тяжело болел.

Отсюда и пошло: если хотят кого-то серьезно наказать, говорят: «Я покажу тебе, где раки зимуют».

Источник:  http://frazbook.ru/frazeologizmy/

Серия сообщений "для детей и вместе с ними":
Часть 1 - Диван для Барби
Часть 2 - Календарик - "ожидарик"
...
Часть 34 - Кошка из варежки
Часть 35 - Кошка из бутылки
Часть 36 - Где раки зимуют?
Часть 37 - Алфавит в замечательных стихах!!!
Часть 38 - От Диснея! Заготовки для 3D изображений
Часть 39 - Аэрография для ребят