В августе 1918 г. власть в Баку взяла «Диктатура Центрокаспия» - состоящая в основном из эсеров и дашнаков. Диктатура немедленно послала приглашение англичанам. 10 августа конференция большевиков приняла резолюцию — покинуть Баку и вместе с оружием эвакуироваться в Астрахань. Вскоре после этого в Баку прибыли присланные из России красные войска во главе с Г. К. Петровым.
Узнав о произошедшем, они также решили эвакуироваться и 14 августа на 16 пароходах отплыли обратно вместе с комиссарами.
Однако посланные Диктатурой военные суда 15 августа принудили их вернуться, и беглецы (35 человек) были арестованы и заключены в Баиловскую тюрьму, и против них было возбуждено следствие по обвинению «в попытке бегства без сдачи отчета о расходовании народных денег, в вывозе военного имущества и в измене».
Накануне входа в Баку турецких и азербайджанских войск Анастас Микоян, бывший депутатом Бакинского Совета (назначенный руководить бакинским большевистским подпольем), добился у главы Диктатуры эсера Велунца разрешения на эвакуацию комиссаров.
Комиссары погрузились на последний отходивший из Баку пароход «Туркмен», в основном с дашнаками под командой Татевоса Амирова.
Пароход причалил не в Астрахани, а в Красноводске. Красноводск подчинялся ашхабадскому Закаспийскому временному правительству, состоявшему из эсеров. Впоследствии члены Закаспийского правительства и глава английской военной миссии в Закаспии генерал У. Маллесон перелагали ответственность за расстрел комиссаров друг на друга.
Роль расстрельного списка сыграл отобранный у Корганова (бывшего старосты камеры) список, по которому он распределял сухари; этот список приняли за список руководства Бакинского Совета — именно этим объясняется то, что из 35 арестованных было расстреляно 26 человек, выбранных достаточно случайно (там оказались телохранители и делопроизводитель Мишне, и не было например Микояна и еще целого ряда видных деятелей Бакинского Совета). Избежал расстрела и комиссар Мирон Кандыба, который перед расстрелом был осужден и отправлен в ссылку. К списку, содержавшему 25 фамилий, прибавили также Татевоса Амирова, обвиненного в дезертирстве и намерении эвакуировать комиссаров.
В ночь на 20 сентября 1918 г. было объявлено, что комиссаров якобы вывозят в Индию; их посадили в особый поезд и вывезли на 207-ю версту Закаспийской железной дороги, где и расстреляли.
В 1920 году останки бакинских комиссаров были торжественно перезахоронены в Баку. В число комиссаров включили всех 26 расстрелянных, хотя среди них были и лица, не являвшиеся комиссарами.
В 1958 году в Баку на месте захоронения бакинских комиссаров был установлен памятник. В 1968 году сооружён пантеон. 12 января 2009 года был начат его демонтаж, завершённый к концу месяца. На месте памятника сооружён фонтан. При проведении работ по перезахоронению останков, были обнаружены останки только 23 человек. В частности, среди 23 бирок, которыми были помечены останки,
отсутствует бирка с именем председателя Бакинского СНК Степана Шаумяна. Внучка Татьяна Шаумян отказались верить в отсутствие праха деда и предложила провести ДНК тест для прояснения ситуации однако он не был проведен.
Серия сообщений "Революция, Гражданская война":
Часть 1 - 1-я Конная армия и её командиры
Часть 2 - Штурм Зимнего дворца
Часть 3 - 26 бакинских комиссаров
Часть 4 - Фрунзе, Михаил Васильевич (1885-1925)
Часть 5 - Первая русская революция 1905-1907
...
Часть 38 - Герой Гражданской войны Александр Пархоменко
Часть 39 - Великая французская революция (1789-1794) - предтеча Великой Октябрьской социалистической революции
Часть 40 - Великая французская революция на марках разных стран
