Crysis развивает основные идеи геймплея прошлой игры Crytek — Far Cry. Действие всё так же происходит в джунглях, и игрок может решить каждую поставленную задачу разными способами.

Одной из самых главных особенностей геймплея игры является нанокостюм, в который одет главный герой. Кроме защиты тела от ранений, нанокостюм способен распределять свою энергию для придания определённых способностей своему носителю.

В Crysis появилась возможность модифицировать оружие, изменяя его для большей эффективности боя в разных условиях. На оружие можно поставить оптические прицелы, подствольные гранатомёты, глушители, тактические фонари и прочие модификации, которые наиболее подходят под ситуацию.