Суть проблемы - если документ только по упр учету, у него должен быть другой номер.
Введение для упр учета отдельной фирмы не годится, т.к. договоры привязаны к фирме и придется дублировать договора.
Окей, применяем умелые ручки.

Итак, практически у каждого документа вызывается функция общего модуля:
УстановитьЗаголовокФормыДокумента(Строка(ВидОперации), ЭтотОбъект, ЭтаФорма);

В эту функцию вставляем затычку, которая проверяет, есть ли в документе флажок ОтражатьВБухУчете. Если он есть, назначаем ему в событие "ПриИзменении" обработчик события изменении организации "ОрганизацияПриИзменении" (благодаря стандартам программирования 1С, он во всех формах называется одинаково, но даже если бы это было не так, его имя можно было бы взять из реквизита Организация).

Теперь в процедуру УстановитьНомерДокумента(ДокументОбъект)
общего модуля вставляем затычку, которая назначает правильно номер для упр учета и ВОЙЛА!

Теперь в форме, когда пользователь сбрасывает флажок "ОтражатьВБухУчете", у него тут же меняется номер документа.

А ведь как было бы красиво, если бы существовали глобальные события "ПриОткрытииФормы"! Не пришлось бы выискивать процедуру, которая вызывается у каждой формы.