Катунь имеет 254 притока общей длиной 708 км. Самые многоводные притоки принимает в верхнем и среднем течении на территории Республики Алтай. Основные притоки: Кокса (левый, длина 179 км), Мульта (правый, длина 30 км), Кураган (правый, длина 51 км), Кучерла (правый, длина 50 км), Аргут (правый, длина 232 км), Чуя (правый, длина 320 км), Урсул (левый, длина 119 км), Кадрин (правый, длина 95 км), Иша (правый, длина 162 км), Каменка (левый, длина 110 км), Сема (левый, длина 88 км).