В бассейне Катуни насчитывается более 800 ледников общей площадью 625 тыс. км², поэтому ледниковое питание Катуни играет существенную роль. Средний годовой расход воды у населенного пункта Сростки (53 км от устья) 626 м³/с. Замерзает в верховьях в декабре, в низовьях — в конце ноября, вскрывается в первой половине апреля.