Варианты с "RestrictRun" и "DisallowRun" были в Винде исторически первыми (не считая сторонних решений), легко обходятся переименованием исполняемых файлов, кроме того, влияют лишь на запуск программ из среды Windows Explorer (только!). Сейчас лучше использовать "Software Restriction Policies".
Эти два метода не имеют друг к другу прямого отношения. Нет смысла использовать одновременно оба. С другой стороны, если очень хочется, почему бы и не использовать? Тогда настраивайте оба по отдельности.