Происходил из штирийского дворянского рода (его дед Бальтазар был крупным финансистом) и получил строго протестантское воспитание. Уже в молодости, однако, вероисповедные вопросы не имели для него большого значения, и он начал свою деятельность на службе у испанского короля, в войне с Нидерландами. В 1597 году он поступил на службу к эрцгерцогу Фердинанду Штирийскому, фанатичному католику.

Эрцгерцог Фердинанд Штирийский

Поставив себе целью сделать блестящую карьеру, он перешел в католицизм и, обладая недюжинными дипломатическими способностями, скоро сделался ближайшим советником Фердинанда, который назначил его сначала правителем Крайны, затем, наместником и директором тайного совета в Австрии. Императоры Рудольф и Матвей не раз отправляли Эггенберга в Испанию для дипломатических переговоров. При его деятельном участии произошло усыновление Фердинанда Матвеем и избрание в 1619 году Фердинанда императором.

Фердинанд II, император Священной Римской Империи.

Политика Эггенберга не нравилась испанскому правительству, и оно старалось, но безуспешно, подорвать исключительное доверие, которое выказывал ему Фердинанд II. После покорения Чехии Эггенберг получил там громадные владения из числа конфискованных земель, затем был возведен в княжеское достоинство с титулом герцога Крумловского (который после угасания его потомства перешёл к Шварценбергам).