7 января 1920 года была арестована. В заключение к окончательному протоколу её допроса от 5 апреля 1920 года следователь Поболотин отметил, что «преступная деятельность Бочкаревой перед РСФСР следствием доказана… Бочкареву как непримиримого и злейшего врага рабоче-крестьянской республики полагаю передать в распоряжение начальника Особого отдела ВЧК 5-й армии». 21 апреля было принято решение передать Бочкареву в Особый отдел ВЧК города Москвы, но 15 мая это решение было пересмотрено и принято новое — Бочкарёву расстрелять.

16 мая 1920 года она была расстреляна в Красноярске на основании резолюции полномочного представителя ЧК по Сибири Ивана Павлуновского и секретаря Омскгубчека Исаака Шимановского. На обложке уголовного дела была сделана синим карандашом приписка: «Исполнено пост. 16 мая». Но в заключении прокуратуры России о реабилитации Бочкарёвой 1992 года сказано, что свидетельств её расстрела не имеется

https://foto-history.livejournal.com/12559558.html