После смерти Хатшепсут в начале 1468 до н. э. Тутмос в отместку за лишение его власти приказал уничтожить все сведения о Хатшепсут и все её изображения, однако не нанёс серьёзного вреда поминальному храму Хатшепсут в Дер-эль-Бахри — было разбито несколько размещённых в храме статуй царицы, однако сама постройка не пострадала. Тридцатиметровые обелиски Хатшепсут в Карнаке были заложены каменной кладкой, а само её имя полагалось предать забвению — оно выбивалось из картушей и заменялось именами Тутмоса I, Тутмоса II и Тутмоса III. Уничтожение имени в Древнем Египте приравнивалось к проклятию, поэтому фараоны начала XVIII династии стирали все надписи, принадлежавшие к периоду ненавистных гиксосских царей, равно как и Хоремхеб, прокляв Эхнатона, выдалбливанием имени «Угодного Атону» из царских картушей стремился истребить сведения о существовании его религиозной реформы.
Путаница с картушами Хатшепсут, заменёнными картушами её отца, мужа и пасынка, привела к созданию немецким египтологом Куртом Зете теории, объяснявшей события правления царицы междоусобиями между стареющим Тутмосом I и Тутмосом II с одной стороны, и Тутмосом III и Хатшепсут, — с другой. Репрессиям подверглись также ближайшие соратники царицы, в том числе покойный Сенмут, чья гробница была разорена, и Тути, которого на посту главного архитектора и начальника ремесленников сменил ставленник фараона Менхеперрасенеб («Менхеперра здравствует»), также занявший пост начальника золотой и серебряной сокровищницы.
Однако, параллельно с общепринятой версией о мести Тутмоса III, существует альтернативная точка зрения на причину преследования памяти его предшественницы — вероятно, эти действия были необходимы фараону только для того, чтобы доказать легитимность своего правления. Эту гипотезу частично подтверждают и недавние исследования, проведённые различными учёными во главе с Чарльзом Нимсом и Питером Дорманом. Эти исследователи, изучив уничтоженные изображения и надписи, пришли к выводу, что памятники времен Хатшепсут могли быть повреждены после 42-го года правления Тутмоса III, а не в районе 22-го, как считалось ранее, что опровергает известную теорию о мести фараона-завоевателя своей мачехе-узурпатору. Таким образом, представляется вполне возможным, что Тутмос III, следуя совету приближенных, был вынужден ликвидировать следы правления Хатшепсут в силу весьма консервативной иерархической политической системы Древнего Египта, которая допускала до управления государством только мужчин. Действительно, вплоть до начала правления македонской династии Птолемеев полновластными правителями Египта, помимо Хатшепсут, были всего несколько женщин — Нитокрис (Нейтикерт) в конце Древнего царства, Нефрусебек (Себекнефрура) в конце Среднего царства и Таусерт в конце XIX династии. Все они приходили к власти в критические периоды египетской истории, когда усложнялась проблема престолонаследования, и правили недолго. Поэтому длительное и успешное правление Хатшепсут нарушало традицию и не вписывалось в официальный канон развития древнеегипетской цивилизации.
Дискутируя относительно причин посмертных гонений на женщину-фараона, отдельные египтологи даже отказывают им в системности, выдвигая гипотезу о том, что её картуши могли пострадать в результате атонистического религиозного переворота Эхнатона: часть царского имени царицы, Хенеметамон, включала в себя имя Амона, следовательно, подлежала запрету и уничтожению. Сети I, восстанавливавший памятники XVIII династии, повреждённые при «царе-еретике», в силу традиции на место стёртых картушей мог вписывать имена не самой царицы, а её ближайших родственников.
В свете продолжающейся дискуссии относительно отношений Тутмоса III и Хатшепсут особое значение приобретает недавнее открытие девяти золотых картушей, включающих как имя Хатшепсут, так и имя Тутмоса, близ одного из обелисков у храма Хатшепсут в Луксоре.
