Посмотрел словари в сети по кыргызскому и южноалтайскому языкам - ну чувствуется, что это языке ближайшие друг к другу из тюркских. Надо еще до кучи упомянуть ферганско-кыпчакский (сейчас он обычно считается диалектом кыргызского в Ферганской долине и в Синьцзян-Уйгурском уезде Китая). Обыкновенно считаются восточными тюркским, но я придерживаюсь того, что это языки кыпчакские, также как татарский, башкирский, казахский и так далее...
Южноалтайский тоже можно разделить на несколько : телеутский, телесский, теленгитский, собственно южноалтайский (северноалтайские - самостоятельная подгруппа тюркских), существуют также говоры в Китае, максимально близки они к теленгитскому. Отличительная черта южноалтайского - последовательная реализация [с] и [з] как одной фонемы и интервокальное озвончение [ш]: киши > кижи, баса > база, баласы > балазы, кыз > кыс, кыздар > кыстар. В этом плане южноалтайский (равно как и северноалтайские) сближается с большинством восточных тюркских: тувинским, хакасским...
В кыргызском (априорно утверждаю, что и в ферганско-кыпчакском, ибо они близки как диалекты ... наподобие балканско-гагаузского и собственно гагаузского) озвончение [ш]: киши. Совпадение [с] и [з] не доведено до абсолюта - [з] оглушается, но интервокальное противопоставление сохраняется: баса, баласы, кызы; но кыз [кыс], кыздар [кыстар] (в разговоре). В таласском говоре, однако, встречается ненормативное озвончение [с] > [з]: база, балазы.
Материальная часть:
http://eurasica.ru/articles/kyrgyz/kyrgyz-kypchaki_kozhom-shukur_zapadno-kypchakskiy_krug_plemen_zaklyuchenie/
http://eurasica.ru/articles/kyrgyz/istoriograficheskiy_obzor_problemy_proishozhdeniya_kirgizov/
http://www.eurasica.ru/articles/library/asylbek_bisenbaev_drugaya_tsentralnaya_aziya_glava_vi/
http://www.eurasica.ru/articles/kyrgyz/ra_abdumanapov_kipchakskiy_komponent_v_etnogeneze_kirgizov/
http://www.eurasica.ru/articles/kyrgyz/k_voprosu_o_kyrgyzah_i_fergane/
http://www.eurasica.ru/articles/kyrgyz/hudyakov_yus_sayano-altay_i_tyan-shan/ 

Люблю вот тюркские языки я. Наверное, во мне говорят древнейшие тюркские корни. В детстве с огромным удовольствием изучал азербайджанский язык, когда наша семья жила там.
Так вот.
Просматривая список тюрских слов, обратил внимание на такое явление, что не встречается или очень редко встречается s в интервокальной позиции и на конце, тогда как в начале слов и рядом с согласными часто. То есть сочетаний вроде -VsV- или -Vs#  почти не встретишь, тогда как sV-, -(C/S)s(C/S)- встречаются сплошь и рядом (s = [s], V - гласный, C - согласный, S - сонорный). Случайно ли это?
/Вторичные процессы в казахском, якутском и так далее - не расссатриваются/