Эмиль Мунье стал большим сторонником академических идеалов в живописи и последователем Вильяма Адольфа Бугро (William Bouguereau), чей талант стал одним из важных факторов вдохновения для молодого Мунье. Мунье и Бугро стали друзьями. В 1867 г. Генриетта Мунье родила сына, но через шесть недель после родов Генриетта скончалась. В 1871 г. художник забросил работу в качестве драпировщика и полностью посвятил свое время картинам, он также стал преподавать живопись в классах для взрослых. Большая часть коллекции картин Эмиль Мунье в настоящее время хранится в Музее искусств г.Нью-Орлеана.
Скончался художник 29 июня 1895 г., через несколько недель после своего 55-летнего дня рождения.