Монастырь основан преподобным Христофором Сольвычегодским – учеником преп. Лонгина Коряжемского. Преподобный Христофор был одним из первых учеников и пострижеников преп. Лонгина. "Не дошло до нас никаких сведений о том, откуда он был родом, какого звания и в каком возрасте пришел в пустыню". Но, судя по тому, что преподобный Христофор стал одним из первых, кто пришел проводить иноческую жизнь под старческим окормлением преп. Лонгина, он мог быть "родом или из Сольвычегодска, или из ближайших его окрестностей".

По кончине своего учителя, Христофор пробыл в Коряжемском монастыре еще 10 лет; потом поселился в верховье речки Малыя Коряжемки, в 20 верстах от монастыря и в 27 от Соль-Вычегодска. Там в уединеннии он жил отшельником. В совершенном безмолвии он, часто целые дни и ночи, проводил в молитве перед иконою Божией Матери Одигитрии, которой его благословили при выходе из монастыря и для которой он устроил близ кельи часовню. Но вскоре к нему начали приходить послушники и принимать от него пострижение, таким образом около 1555 года основалась под его настоятельством обитель и построена церковь, во имя иконы Божией Матери Одигитрии, от которой происходили чудеса и исцеления. Кроме этой чудотворной иконы, в 150 саженях от церкви открылся целебный источник из камня, что еще более прославило новую обитель, молва о которой достигла самой Москвы.

Царица Анастасия Романовна (первая и самая любимая жена Иоанна IV), услышав о чудесах от иконы Пресвятой Богородицы и о целебном источнике, пожелала воспользоваться его водою, и по приказанию Иоанна Васильевича преподобный Христофор должен был лично доставить ее ко двору. Велика была радость царя, когда царица получила облегчение от своей болезни, испив целебной воды, и по царски наградил он старца, давши достаточную сумму денег на устройство обители. Так гласят «Исторические сказания о жизни святых, подвизавшихся в Вологодской епархии» (г. Вологда. 1880 год).

По завершению строительства здания обители, преподобный оставил, в 1572 г., тайно свою братию; куда он скрылся и когда преставился, неизвестно. Вскоре после отшествия Христофорова расстроилась и пустынь Богородицкая: икона Божией Матери была перенесена в Николаевский Коряжемский монастырь, но уже в 1590 году вновь взвращена на прежнее пустынное место, где в честь ее Коряжемской игумен Иов соорудил деревянную церковь. С того времени Христофора пустынь была приписана к Коряжемскому монастырю. В 1763 г., вместо деревянной церкви, построена каменная. Но уже на следующий год в 1764 монастырь был упразднен, как и многие малые монастыри Российской Империи, а построенная церковь обращена в приходскую. Вокруг Христофоровой Пустыни было пять деревень: Пулькино, Присека, Попова Гора, Погост, Большая Гора или Вешнякова Гора.

К началу XX века старая каменная церковь совсем обветшала, и местные жители просили Императорскую Археологическую комиссию о сохранении старой церкви. Церковь не удалось сохранить и на ее месте, была построена в 1907 год новая церковь, освящение состоялось 1(14 нов. ст.) марта. Туда ежегодно, 28 июля, съезжались много богомольцев на праздник иконы Одигитрии; а также в девятую пятницу по Пасхе и сентября 8, в день Рождества Богородицы.

В советское время колокольня и церковные строения были разрушены, исчезли и стоящи в округе деревни, но сам храм сохранился. В средине 90х год XX века Христофорова пустынь стала возрождаться. Начало ее восстановлению положил настоятель Коряжемского храма преп. Лонгина протоиерей Михаил Яворский. 29 июля 2004 года он трагически погиб в автокатастрофе, возвращаясь в свой храм из Христофоровой пустыни. В данное время сама церковь одета в леса, отремонтированы крыша и купола. Блестят позолотой 6 крестов, приобретенных на пожертвования прихожан. Завезены стройматериалы для возведения колокольни и церковных строений. На месте святого родника воздвигнута часовня с купальней. Христофорова пустынь вновь приобретает былую известность.