Стефановская церковь построена в 1825-1829 годах в стиле классицизма.


На этом месте еще в XIV веке проповедник Стефан Пермский на месте языческой кумирницы поселян Пыраса построил деревянную православную часовню. Через некоторое время ее разобрали и возвели рам с двумя престолами: Никольский и в честь Святого Первомученика и архидиакона Стефана. Храм стали именовать Стефанониколаевский. В XVII веке там обнаружили икону Владимирской Божьей Матери Троеручницы. На этом месте был поставлен деревянный храм, а позже каменный. Приход получи название котласского Стефановского. В 1682 г приписан к Великоустюгской епархии. По территориально-административному делению он относился к Двинской трети Великоустюгского уезда.

После того как сгорел деревянный храм в честь иконы Владимирской Богоматери, службы вновь стали проходить в Стефанониколаевской церкви.

Когда в 1785 году было закончено строительство каменного храма иконы Владимирской Богоматери с Никольским приделом и имя Святого Первомученика и архидиакона Стефана, ветхий Стефанониколаевский храм был разобран.

В 1825 году на месте разобранного храма прихожане под руководством местного крестьянина Льва Трофимовича Беляева начали строить каменную холодную церковь под колокольней.

8 декабря 1829 состоялось освящение храма в честь Стефана Великопермского.

В 1830 году территория храмового комплекса была обнесена деревянной оградой. В начале XX века по предложению церковного старосты Михаила Терюкова, решетки были выполнены местными кузнецами.

Во владениях причта по планам и межевым книгам рубежа веков находилась 144 десятины 2123 кв. сажени земли. Сюда включались приусадебная земля ч церковным погостом, пахотная земля. Она сдавалась в аренду крестьянам. На приусадебной земле для священнослужителей прихожане построили в 1895 году дом для священника, в 1902 – для диакона и в 1908 для псаломщика. Также церкви принадлежали до с квартирой для просфорни, дом церковных сторожей и две стаи, занимаемые скотом священника и псаломщика.

5 сентября 1920 года Котласский совет заключил с общиной верующих договор, на основании которого общине от государства передавались по описи церковное имущество и утварь.

В 1922 году голод и неурожай заставили советскую власть изъять ценности. В июне 1928 года были попытки разобрать ограду на кирпич, но этого сделать не удалось.

В начале 1931 года горисполком обратился к общине верующих с требованием освободить один из действующих храмов и три угловых флигеля в ограде. В случае неподчинения возникала угроза изъятия церковного имущества и утвари. Было решено передать Стефановский храм и три флигеля, кроме северо-западного, где жили священник-настоятель протоиерей Николай Афанасьевич Шайтанов и диакон Иван Афанасьевич Трубачев.

8 января 1932 года горисполком решил сломать церковную ограду с восточной стороны, сломать колокола и отправить их на переплавку. Отобранное здание церкви передали под молочную кухню городской больницы. Рядом планировалось возвести гормолзавод. В 1933 кухню перевели, а в здании храма разместили мельницу и маслозавод.

Вскоре был закрыт и второй храм Стефановского прихода.

Священников выслали из Котласа. 6 ноя 1937 диакона Ивана Трубачева был расстрелян.

Осенью 1936 все-таки была разрушена церковная ограда.

После войны в связи многочисленными просьбами передать храм верующим было принято решение о передаче храмов общине. 14 сентября 1947 года на должность епископа на должность настоятеля Котласского Стефановского прихода епископ Архангельский и Холмогорский Леонтий назначил священника Владимира Жохова. Уполномоченный по делам РПЦ по области В. Панин подтвердил назначение.

Было решено сначала отреставрировать Стефановский храм.

В 1948 году из закрытой Вондокурской церкви в Стефановский храм был привезен иконостас (собственный иконостас был уничтожен еще в 1931 году). Начались богослужения.