Мелкие семена, имеют оливково-зеленый цвет, твердые, в форме расплющенного овала (похожи на тмин). Как и зелень фенхеля, обладают анисовым ароматом и вкусом. В зависимости от требуемой силы аромата, можно использовать как цельные, так и размолотые или толченые семена.

Молотыми семенами фенхеля приправляют карри, а также сдабривают мясные и овощные блюда. Цельные и толченые семена используются при выпечке хлеба, печенья и для некоторых блюд из белокочанной капусты.
Зерна фенхеля благоприятствуют пищеварению.