По мере набирающего обороты террора усиливается и антирелигиозная борьба. В 1935 году власти приняли план, предусматривающий срочное закрытие всех церквей в Ленинграде. Однако, несмотря на это, на рождественское богослужение 1936 года по данным Комиссии по делам культов в 41 храм города пришло 107398 человек. 

Перепись населения 1937 года показала, что более половины граждан СССР (52,6 %) в возрасте от 16 до 60 лет верят в Бога. Среди мусульман этот показатель равнялся 66,2%, среди христиан - 54,5%, у евреев - 17,4%. Кроме того, уравнение служителей культа в правах с остальными гражданами, провозглашённое конституцией 1936 года, многими верующими было воспринято буквально - священников пробовали выдвигать даже кандидатами на выборах в Верховный Совет, назначенных на декабрь 1937 года. В ответ на что, преследования служителей религии были только усилены.

Несмотря на неослабевающую антицерковную пропаганду, закрытие и разрушение храмов, репрессии против священнослужителей и верующих, окончательно придушить религию никак не удавалось. На 10 июня 1937 года в Ленинграде оставалось только 34 действующих православных храма, не считая синагог и мечетей, которые были переполнены прихожанами. Например, в Князь-Владимирском соборе на рождественскую службу пришло 15000 человек. Такое положение делало невозможным проект 1935 года по срочному закрытию всех молельных домов.

В пропаганде атеизма в Ленинграде ведущая роль была возложена на Музей истории религии и атеизма, открытый в 1937 году в бывшем Казанском соборе - там экспонировались конфискованные предметы разных религиозных культов. Особое внимание уделялось экспонатам, связанным с устрашением и силовым воздействием ортодоксальных конфессий на свою паству - еретиков или лиц, не соблюдающих религиозные ритуалы и уставы. Например, рядом с музейной экспозицией, посвящённой инквизиции, располагался макет синагогальной темницы. Этот образец, на который неизменно обращалось внимание посетителей, удостаивался красочных комментариев экскурсоводов, вещавших, что за малейшее ослушание верующих ожидали смертная казнь или пытки. Для контраста с мракобесными временами приводился день сегодняшний, когда «советской наукой доказано, что Бога нет», а «советская партия и правительство проявляют всемерную заботу о просвещении своего народа» и «за атеизм, в отличие о средневековья, не преследуют». Помимо религиозной литературы и совершения религиозных ритуалов под запретом оказались даже обычные детские куклы. Вместо кукол, которых девочки традиционно убаюкивали, купали и кормили, в детских учреждениях раздавали тряпичные чучела попов, похожих на монстров, - чтобы предотвратить развитие «гипертрофированного материнского чувства», а также сызмальства закрепить отвращение к религии и ко всему с нею связанному. Однако девочки, упрямо следуя своему «гипертрофированному материнскому чувству» продолжали убаюкивать и кормить своих тряпичных дочек-попов.

К 1939 году в Ленинграде на свободе осталось четыре правящих архиерея - митрополиты: Сергий (Старгородский), Алексий (Симанский), Николай (Ярушевич), Сергий (Воскресенский). А из ленинградских священников на свободе пребывали всего 10 человек. Последние действующие храмы закрывались, служить было физически некому. Так, выселенный из своих покоев в Новодевичьем монастыре Митрополит Алексий некоторое время жил на колокольне Князь-Владимирского собора, а затем поселился в Никольском соборе. С этого времени Никольский собор становится кафедральным собором Ленинградской епархии. 

Начавшееся в середине 1930-х годов возрождение русского национализма и борьба с  «правым уклоном» означало резкое усиление репрессивных антирелигиозных мер по сравнению с пропагандистскими. Если в предыдущем десятилетии основное внимание уделялось искоренению православия, то теперь дошла очередь и до других конфессий. Одной из первых в Ленинграде это испытала на себе религиозная еврейская община, которая в 1920-е годы была довольно влиятельной организацией. Притеснения начались с запрещения в самом начале 1936 года на выпечку мацы в подвальном помещении Хоральной синагоги, где она традиционно выпекалась. Официальной причиной запрета стало якобы то, что изготовление мучных изделий осуществляется в антисанитарных условиях. А в феврале 1937 года Культовая комиссия вообще запретила общине производить выпечку мацы. Одновременно с гонениями на мацу осуществлялись и другие притеснения верующих. Например, в Октябрьском районе в 1938 году согласно постановлению Культовой комиссии закрыли микву. Основание: обслуживание верующих осуществляется в антисанитарных условиях, заведение представляет собой рассадник инфекции. Хотя взятые пробы воды в бассейне на наличие в ней кишечных палочек были отрицательными. В августе того же года помещение миквы было передано физкультурниками Октябрьского района. Главный удар был нанесён по местам молитвенных собраний - оставшимся в городе миньянам и синагогам. С 1936 года райсоветы всё чаще стали отказывать верующим в разрешениях молиться на квартирах. Имущество синагог растаскивали, ломали, а их служителей постоянно утесняли в правах. Последней действующей была синагога на Лермонтовском проспекте.  В 1937 году около десятка хасидов Ленинграда были арестованы и осуждены на разные сроки за «контрреволюционную пропаганду и организационную деятельность». Но самая мощная волна арестов прокатилась по городу в конце января 1938 года.

Во избежание притеснений со стороны государства люди старались скрывать свою сопричастность к религии. Верующих, особенно людей молодого возраста, которых замечали в посещении молитвенных собраний или храма, жёстко «прорабатывали» по месту работы или учёбы. Факт веры в Бога, если человек не желал отрекаться и пополнять ряды атеистов, нередко становился основанием для исключения из учебного заведения или увольнения с работы.

Меры ленинградских властей, направленные на искоренение религиозной жизни, осуществлялись в рамках общегосударственной политики против всех религий. Так, в 1937 году был закрыт единственный в Ленинграде буддийский храм. Его служителей расстреляли. Несколько лютеранских пасторов города и области - финнов, немцев, эстонцев - были казнены по обвинению в шпионаже, а действовавшая в Ленинграде лютеранская семинария, единственная в стране, была закрыта. В 1938 году были также закрыты: лютеранская церковь Петра и Павла на Невском проспекте, её помещение передали Госэстраде; финская церковь на Большой Конюшенной, помещение которой было передано Эрмитажу; костёл св. Екатерины на Невском проспекте был отдан под склад. 30 июня с разрешения Сталина из костёла был извлечён прах бывшего короля Польши С.Понятовского и передан польской стороне.

К началу Великой Отечественной войны Ленинград лишился почти 50 церквей и соборов, которые служили мемориалами русской военной славы, в т. ч. тех, которые были основаны еще при Петре I и Елизавете Петровне. Например, в 1934 году был разобран первый храм Петербурга - Троице-Петровский, в котором основатель города слушал торжественные молебны в честь победы под Полтавой и заключения Ништадского мира после окончания Северной войны. В 1936-1937 годах на территории Александро-Невской лавры организован музей-некрополь. В 1939 году его преобразуют в музей городской скульптуры. В 1941 году в связи со строительством метро разрушена Знаменская церковь на Невском проспекте. Позднее на этом месте появилось наземное здание станции метро «Площадь Восстания».

Серия сообщений "Время. События. Люди. 1917-2007":

Петроград. Ленинград. Санкт-Петербург. После революции.

Часть 1 - Февральская революция. Отречение Николая II
Часть 2 - Приказ № 1 (по армии). Обстановка в столице после Февральской революции
...
Часть 18 - Большой Террор
Часть 19 - Борьба с формализмом: культурные «чистки» и перестройки. Сотворение советских мифов.
Часть 20 - Война с «опиумом для народа»
Часть 21 - Физкультура и спорт
Часть 22 - Неоклассицизм по-советски: градостроительство
...
Часть 31 - Градостроительство: диктатура железобетона и планировочных вариаций
Часть 32 - Интеллектуальная атмосфера: течения, настроения, легенды
Часть 33 - Богоборческая политика