Родился 23 января 1944 года в актёрской семье в нидерландском городке Брёкелен, в нескольких десятках километров к югу от Амстердама. Его отец, Аренд, преподавал актёрское мастерство в местном театральном колледже, мать, Тёнке, там же вела занятия по курсу драматургии. В раннем детстве Рутгер и три его сестры воспитывались няней в Амстердаме, так как родители в силу своей профессии постоянно разъезжали по стране с гастролями. Уже в пять лет Рутгер появился на театральной сцене, а первый дебют в театре состоялся 8 июня 1955 года в трагедии Софокла «Аякс». Рутгера назвали в честь наставника его отца на театральной сцене.

Рутгер был непослушным ребёнком (как-то раз, играя со спичками, поджёг копну сена). В 15 лет он сбежал из дома, нанялся на торговое судно своего деда и почти на год ушёл в плавание. Это дало ему возможность посмотреть мир, побывать в Пакистане, Канаде, Сингапуре, Сайгоне, Персидском заливе, познакомиться с нравами и бытом разных народов. Тогда же он обнаружил в себе способность к изучению языков. Он владеет английским, немецким и французским языками кроме своих родных — нидерландского и фризского.

Поскольку дальтонизм, унаследованный от прадеда, помешал Хауэру продолжить карьеру моряка, он возвращается домой и начинает посещать вечернюю школу, а днём работает (декоратор сцены, автомобильный мойщик, плотник, и т. д.). Его страсть к автомобилям и мотоциклам, возникшая в это время, и навыки, которые он получил, позже позволили ему выполнить наиболее опасные автомобильные трюки в «Попутчике» (Hitcher, 1986) без дублёра.

В 1962 году поступил в театральный институт в Базеле (Швейцария). Спустя два года Хауэр нанялся солдатом в армию. Два года были отданы десантным войскам, но вскоре он прибегнул к помощи приятеля-врача, симулируя психическую неуравновешенность, чтобы избежать дальнейшей службы. Пробыв некоторое время в больнице для душевнобольных, Хауэр, убедив врачей в своей непригодности к военной службе, возвращается в институт. Затем была актёрская школа в Амстердаме, после чего он получает место в Королевском театре. В Базеле Хауэр женился, и от этого брака у него появилась дочь Айша, в 1988 году родившая сына Лео. С 1967 года Рутгер начал играть в театре «Noorder Compagnie», где в 1973 году сам поставил две пьесы, а в 1968 году дебютировал в кино. Тогда же он встретился со своей нынешней спутницей — Инеке, художницей и скульптором, с которой они поженились в 1985 году.

Его первое появление перед телекамерой состоялось ещё 12 декабря 1956 года, когда проводились съёмки спектакля «Асмодей» (Asmodee). Затем была эпизодическая роль в картине «Господин Хаварден» (Monsieur Hawarden, 1968), но в смонтированную версию кадры с участием Хауэра не вошли. Первая популярность пришла к молодому актёру уже через год, после участия в телесериале «Флорис» (Floris, 1969).
Так началось его многолетнее сотрудничество с нидерландским режиссёром Полом Верховеном, которое продолжалось более десяти лет и которое принесло Рутгеру Хауэру мировое признание.

Первый их фильм назывался «Турецкие наслаждения» (1973) — драма по роману нидерландского автора Яна Волкерса, номинировавшаяся в 1974 году на премию «Оскар» в категории «лучший зарубежный фильм».
Сняв этого актёра в пяти известных фильмах разных жанров (эротическая драма «Турецкие наслаждения» (1973), «Кити-вертихвостка» (социальная драма, действие происходит в конце XIX века), «Оранжевый солдат» (1977, военный эпос об оккупации Нидерландов немцами во Вторую мировую войну), «Лихачи» (1980, молодёжная драма), «Плоть и кровь» (1985, действие происходит в позднем Средневековье)), Верховен считал, что Хауэр, в отличие от другого его протеже Йеруна Краббе, выражает «светлую сторону естества». Режиссёр также намеревался снимать Хауэра и в своём американском дебюте — фантастическом боевике «Робот-полицейский» (1987), но вскоре поссорился с актёром из-за творческих разногласий.

Его первое появление в Голливуде состоялось в картине «Ночные ястребы» (1981) с Сильвестром Сталлоне в главной роли, в котором он сыграл убийцу Вульфгара. Рутгер увидел для себя новые возможности самовыражения. Он нанимает известного репетитора, у которого берёт уроки американского варианта английского языка, чтобы американские зрители в будущем не слышали его европейский акцент. После нескольких удачных картин Хауэр становится известным в США актёром, чьё имя начали ставить первым на киноафишах и плакатах. Фильм «Бегущий по лезвию» стал классикой научной фантастики, и первая версия была добавлена к Национальному архиву фильмов (National FilmArchives), поддерживаемым библиотекой Конгресса США. К этому времени он покупает на Калифорнийском побережье дом и собственноручно строит огромный трейлер, который часто использует во время съёмок на выезде.

В 1987 году в Голливуде режиссёр Джек Голд снял блокбастер «Побег из Собибора» по книге Ричарда Рашке. Главную роль — Александра Печерского — сыграл Рутгер Хауэр. Хауэр за роль солдата Сашко получил «Золотой глобус».
В конце 1980-х годов Рутгер Хауэр классифицировался среди пятидесяти наиболее «пригодных к учёту» актёров в мире в списке, сделанном элитным изданием «Hollywood Reporter». Однако серьёзных кинематографических достижений в эти годы (и много позднее) актёр так и не добился, вероятно потому, что к этому Хауэр особо никогда и не стремился, воспринимая кинематограф как работу.
В 1990-х годах актёр всё чаще стал сотрудничать с небольшими независимыми киностудиями, пытаясь уйти от навязанного ему Голливудом образа, что уменьшило его популярность в США.

Но у себя на родине, в Нидерландах, Рутгер Хауэр остаётся очень популярным, о чём свидетельствует шумное празднование его 50-летия в 1994 году. Была показана ретроспектива его самых знаменитых картин, которая предварялась документальным фильмом «Актёр в оранжевом» (Acteur van Oranje). Спустя год, к 100-летию мирового кинематографа, почтовая служба Нидерландов выпустила юбилейный набор марок, одна из которых изображала Хауэра в роли из картины «Турецкие наслаждения» (а сам фильм был признан «лучшим голландским фильмом века» в 1999 году, на Национальном кинофестивале).

Вторая половина 1990-х годов и начало нового тысячелетия для актёра, заключившего контракт со своим новым агентом Джоан Хайлер (Joan Hyler), начались довольно удачно. В этот период он снимается в фильмах киностудии «Hallmark» — «Зов предков» (The Call of the Wild, 1996) по роману Джека Лондона и «Мерлин» (Merlin, 1998) — на телеканале «NBC» в фэнтезийной сказке «Десятое королевство» (англ. The 10th Kingdom, 1999), где сыграл роль злого Охотника. Кинокартина «Симон-волхв» (Simon Magus, 1998), где Хауэр сыграл мягкого и доброго чтеца поэзии Альбрехта (Count Albrecht), была представлена на нескольких международных кинофестивалях.

В апреле 1999 года Хауэр получил в Нидерландах звание «Лучший актёр столетия», празднование которого на нидерландском телевидении вылилось в ретроспективу его фильмов, проведённую без остановок в течение целого дня. В 2000 году попробовал себя в режиссуре, в результате чего на экраны вышел короткометражный фильм «Комната» (The Room) по книге нидерландского писателя Харри Мюлиша, получивший в следующем году Приз зрительских симпатий на Парижском кинофестивале (Paris Film Festival) как «лучший короткометражный фильм».