Спасо-Геннадиев монастырь до 1647 года назывался Новою Корнилиевою пустынью и до 1787 года находился в Костромской губернии. Монастырь находится в 26 верстах от города Любима, устроен на восточном берегу Сурского или Сурбского озера, близ двух рек Обноры и Костромы, на ровном месте. Монастырь основан преподобным Геннадием, учеником преподобного Корнилия, по желанию Великого Князя Василия Иоанновича в 1529 году. До этого времени здесь была только одна келия, в которой некоторое время жили затворниками преподобные Корнилий и Геннадий, после того, как они удалились из Комельской пустыни. Причиной ухода подвижников в дремучие Костромские леса был ропот Комельской братии на преподобного Корнилия за то, что он, будучи настоятелем, явно предпочитал Геннадия другим и особенно любил его за постоянные неутомимые труды, великое смирение и послушание. Вследствие этого преподобный Корнилий, для успокоения себя и братии, расстался с ними и ушел с Геннадием за 60 верст от Комельской пустыни, поручив обитель 12-ти братьям. добровольные изгнанники поселились в дикой пустыне Сурского озера. Здесь были бортные леса, принадлежащие великокняжеским крестьянам. Добрые и простые люди, посещая свои леса, заметили святых отшельников, полюбили их, построили им келии и делились с ними хлебом и медом. Так жили "подвижники любви" до 1529 года.

В этом году Великий князь Василий Иоаннович с супругою своей Еленой, путешествуя в монастырь Белоезерский и в окрестные ему, для богомолья о чадородии, достиг и пустыни Комельской. Не найдя здесь славного святостью жизни преподобного Корнилия, и узнав о причине его удаления, Великий князь вознегодовал на строптивую братию и тотчас послал своих служителей - просить преподобного Корнилия прибыть в Комельскую пустынь. Корнилий повиновался; с ним вместе явился и преподобный Геннадий. Великий Князь упросил преподобного Корнилия остаться в прежней основанной им обители, а Геннадию позволил устроить монастырь вновь заведенной подвижниками пустыне на берегу Сурского озера. Геннадий, получив благословение своего учителя, приступил к основанию монастыря. Своими руками очистив место на берегу, осушив это место четырьмя прудами Два из них были завалены к середине XIX века (Яр. Еп. Вед. 1866 г. № 24. С. 75) и колодцем, он при помощи новой братии, воздвиг деревянный храм Преображения Господня, к которому в последствии пристроен другой - теплый в честь преподобного Сергия Радонежского чудотворца. Так основалась обитель Спасо-Геннадиевская. Преподобный Геннадий преставился после болезни 23 января 1565 года.